ポケット内3Dグラフは生成小分子生成におけるリガンド-標的適合性を増強する【JST・京大機械翻訳】

Kang Seung-gu; Weber Jeffrey K.; Morrone Joseph A.; Zhang Leili; Huynh Tien; Cornell Wendy D.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202221422084283 整理番号：22P0326935

ポケット内3Dグラフは生成小分子生成におけるリガンド-標的適合性を増強する【JST・京大機械翻訳】

In-Pocket 3D Graphs Enhance Ligand-Target Compatibility in Generative Small-Molecule Creation

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発行年： 2022年04月05日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月05日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

小分子リガンドとの複合体における蛋白質は構造に基づく薬物発見のコアである。しかし,三次元表現は,最も深い学習ベースの生成モデルには存在しなかった。ここでは,関係グラフアーキテクチャ内の明示的3D蛋白質-リガンド接触をコードするグラフベース生成モデリング技術を提示した。モデルは,標的結合ポケット内の分子相互作用の予測を提供する推定接触発生による活性特異的分子生成を可能にする条件付き変分オートエンコーダを結合した。この3D手順で生成した分子は,市販の化学データベースにおけるドッキングスコア,期待立体化学および回復性により測定されるように,比較可能なリガンドベースの2D生成法で生成したものよりドーパミンD2受容体の結合ポケットとより互換性があることを示した。予測蛋白質-リガンド接触は,高い回収率で最高ランクドッキング姿勢の間で見出された。この研究は,蛋白質標的の構造状況が分子生成を増強するためにどのように使用できるかを示す。【JST・京大機械翻訳】

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計算機シミュレーション , 生物学的機能

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