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J-GLOBAL ID：202202225975005963   整理番号：22A0751876

大規模CRISPR-Cas9スクリーニングデータベースと免疫組織化学に基づくccRCCの新規バイオマーカーとしてのUBE2Iの同定【JST・京大機械翻訳】

Identification of UBE2I as a Novel Biomarker in ccRCC Based on a Large-Scale CRISPR-Cas9 Screening Database and Immunohistochemistry

著者 (23件)： Li Feng (1Shengli Clinical Medical College, Fujian Medical University, Fuzhou, China) ,  Li Feng (2Department of Pathology, Fujian Provincial Hospital, Fuzhou, China) ,  Li Feng (3The School of Basic Medical Sciences, Fujian Medical University, Fuzhou, China) ,  Lai Li (1Shengli Clinical Medical College, Fujian Medical University, Fuzhou, China) ,  Lai Li (4Central Laboratory, Fujian Provincial Hospital, Fuzhou, China) ,  You Zhijie (1Shengli Clinical Medical College, Fujian Medical University, Fuzhou, China) ,  You Zhijie (2Department of Pathology, Fujian Provincial Hospital, Fuzhou, China) ,  Cheng Hui (1Shengli Clinical Medical College, Fujian Medical University, Fuzhou, China) ,  Cheng Hui (2Department of Pathology, Fujian Provincial Hospital, Fuzhou, China) ,  Guo Guodong (1Shengli Clinical Medical College, Fujian Medical University, Fuzhou, China) ,  Guo Guodong (2Department of Pathology, Fujian Provincial Hospital, Fuzhou, China) ,  Tang Chenchen (1Shengli Clinical Medical College, Fujian Medical University, Fuzhou, China) ,  Tang Chenchen (3The School of Basic Medical Sciences, Fujian Medical University, Fuzhou, China) ,  Xu Luyun (5Key Laboratory of Optoelectronic Science and Technology for Medicine of Ministry of Education, College of Life Sciences, Fujian Normal University, Fuzhou, China) ,  Liu Hongxia (5Key Laboratory of Optoelectronic Science and Technology for Medicine of Ministry of Education, College of Life Sciences, Fujian Normal University, Fuzhou, China) ,  Zhong Wenting (5Key Laboratory of Optoelectronic Science and Technology for Medicine of Ministry of Education, College of Life Sciences, Fujian Normal University, Fuzhou, China) ,  Lin Youyu (5Key Laboratory of Optoelectronic Science and Technology for Medicine of Ministry of Education, College of Life Sciences, Fujian Normal University, Fuzhou, China) ,  Wang Qingshui (5Key Laboratory of Optoelectronic Science and Technology for Medicine of Ministry of Education, College of Life Sciences, Fujian Normal University, Fuzhou, China) ,  Wang Qingshui (6Fujian Provincial Key Laboratory of Hepatic Drug Research, Fuzhou, China) ,  Lin Yao (7Central Laboratory at the Second Affiliated Hospital of Fujian Traditional Chinese Medical University, Innovation and Transformation Center, Fujian University of Traditional Chinese Medicine, Fuzhou, China) ,  Lin Yao (5Key Laboratory of Optoelectronic Science and Technology for Medicine of Ministry of Education, College of Life Sciences, Fujian Normal University, Fuzhou, China) ,  Wei Yongbao (1Shengli Clinical Medical College, Fujian Medical University, Fuzhou, China) ,  Wei Yongbao (8Department of Urology, Fujian Provincial Hospital, Fuzhou, China)
資料名： Frontiers in Molecular Biosciences (Web)  (Frontiers in Molecular Biosciences (Web))
巻： 9  ページ： 813428  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7081A  ISSN： 2296-889X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:ゲノムワイドCRISPR-cas9ドロップアウトスクリーニングは,腫瘍増殖のドライバー遺伝子の特性化のための優れたアプローチとして出現している。本研究はCRISPR-cas9スクリーニングデータベースDepMapを分析することにより,明細胞腎細胞癌(ccRCC)細胞生存率に関連するコア遺伝子を調べ,ccRCC治療における新規標的を提供するかもしれない。【方法】DepMapからのCRISPR-cas9スクリーニングによるccRCC細胞生存率に関連する候補遺伝子およびTCGAからのccRCC組織と正常組織の間で差次的に発現した遺伝子を重複した。加重遺伝子共発現ネットワーク分析,経路濃縮分析,および蛋白質-蛋白質相互作用ネットワーク分析を重複遺伝子に適用した。最小絶対収縮および選択オペレータ(LASSO)回帰を用いて,ccRCC患者の全生存(OS)を予測し,国際癌ゲノムコンソーシアム(ICGC)およびE-MTAB-1980データベースにおいて検証した。コア蛋白質発現は,ccRCC患者の40例において免疫組織化学を用いて決定した。【結果】DepMapデータベースにおける合計485の必須遺伝子を同定し,TCGAデータベースにおける差次的発現遺伝子と重複し,細胞周期経路に富んでいた。UBE2I,NCAPG,NUP93,およびTOP2Aを含む合計4つの遺伝子を,LASSO回帰に基づく遺伝子署名に含めた。ccRCC患者の高リスクスコアは,ICGCおよびE-MTAB-1980検証コホートにおいて,これらの低リスク患者と比較して,より悪いOSを示した。UBE2Iを重要な遺伝子としてスクリーニングした。免疫組織化学は,UBE2I蛋白質がccRCC組織で高度に発現し,UBE2Iの高レベル核転座がccRCCで生じることを示した。曲線下面積(AUC)値に基づき,核UBE2Iは最良の診断力(AUC=1)を有した。一方,UBE2IのノックダウンはccRCC細胞の増殖を阻害することができる。【結論】CRISPR-cas9スクリーニングによって同定されたUBE2Iは,核に蓄積したコア遺伝子調節ccRCC細胞生存率であり,ccRCC患者の有望な新規有望な診断バイオマーカーとして作用した。UBE2Iの核移行を遮断することは,ccRCC患者による潜在的治療価値を有する可能性がある。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *データベース ,  遺伝子 ,  タンパク質 ,  タンパク質合成 ,  細胞周期 ,  遺伝的調節 ,  治療法 ,  分子遺伝現象 ,  *スクリーニング ,  転座 ,  遺伝子発現 ,  腎細胞癌 ,  *バイオマーカー ,  *免疫組織化学
準シソーラス用語： 蛋白質間相互作用 ,  共発現 ,  候補遺伝子 ,  蛋白質発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： CRISPR-cas9スクリーニング ,  ccRCC ,  細胞周期 ,  UBE2I ,  核転座

分類 (2件)： 泌尿生殖器の腫よう  (GM04000S) ,  発癌機序・因子  (GE02020C)

引用文献 (62件)：

• AtharA., FüllgrabeA., GeorgeN., IqbalH., HuertaL., AliA., et al (2019). ArrayExpress Update - from Bulk to Single-Cell Expression Data. Nucleic Acids Res. 47, D711-D715. doi: 10.1093/nar/gky964
• BaekS. H. (2006). A Novel Link between SUMO Modification and Cancer Metastasis. Cell Cycle 5, 1492-1495. doi: 10.4161/cc.5.14.3008
• BersiniS., LytleN. K., SchulteR., HuangL., WahlG. M., HetzerM. W. (2020). Nup93 Regulates Breast Tumor Growth by Modulating Cell Proliferation and Actin Cytoskeleton Remodeling. Life Sci. Alliance 3. doi: 10.26508/lsa.201900623
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• BraunD. A., SadowskiC. E., KohlS., LovricS., AstrinidisS. A., PabstW. L., et al (2016). Mutations in Nuclear Pore Genes NUP93, NUP205 and XPO5 Cause Steroid-Resistant Nephrotic Syndrome. Nat. Genet. 48, 457-465. doi: 10.1038/ng.3512

タイトルに関連する用語 (8件)： 大規模 ,  CRISPR-Cas9 ,  スクリーニング ,  データベース ,  免疫組織化学 ,  ccRCC ,  バイオマーカー ,  同定