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J-GLOBAL ID：202202240773217420   整理番号：22A0453094

Lactobacillus brevisとBifidobacterium adolescentisのキシロオリゴ糖利用機構の理解:蛋白質が関与し,それらの効果結合に対する立体配座安定性【JST・京大機械翻訳】

Understanding the Xylooligosaccharides Utilization Mechanism of Lactobacillus brevis and Bifidobacterium adolescentis: Proteins Involved and Their Conformational Stabilities for Effectual Binding

著者 (7件)： Khangwal Ishu (Enzyme Technology and Protein Bioinformatics Laboratory, Department of Microbiology, Maharshi Dayanand University, Rohtak, Haryana, India) ,  Skariyachan Sinosh (Department of Microbiology, St. Pius X College, Rajapuram, Kasaragod, Kerala, India) ,  Uttarkar Akshay (Department of Biotechnology, RV College of Engineering, Bengaluru, Karnataka, India) ,  Muddebihalkar Aditi G. (Department of Biotechnology, RV College of Engineering, Bengaluru, Karnataka, India) ,  Niranjan Vidya (Department of Biotechnology, RV College of Engineering, Bengaluru, Karnataka, India) ,  Shukla Pratyoosh (Enzyme Technology and Protein Bioinformatics Laboratory, Department of Microbiology, Maharshi Dayanand University, Rohtak, Haryana, India) ,  Shukla Pratyoosh (School of Biotechnology, Institute of Science, Banaras Hindu University, Varanasi, India)
資料名： Molecular Biotechnology  (Molecular Biotechnology)
巻： 64  号： 1  ページ： 75-89  発行年： 2022年 
JST資料番号： W4742A  ISSN： 1559-0305  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： キシロビオース,キシロトリオース,およびキシロテトラオースのような種々の重合度を有するキシロオリゴ糖は,腸蛋白質との相互作用によりヒトの健康に正に影響する。本研究は,キシロシダーゼ,キシロキナーゼなどの腸ミクロフローラに存在する蛋白質を同定し,全ゲノム注釈を検索し,上記基質との機構的相互作用を見出すことを目的とした。Lactobacillus brevis由来のエンド-1,4-β-キシラナーゼB(XynB)およびBifidobacterium adolescentis由来のβ-D-キシロシダーゼ(Xyl3)の3D構造を,種々のバイオインフォマティクスツールの助けを借りて計算的に予測し,検証した。分子ドッキング研究は,キシロオリゴ糖へのこれらの蛋白質の有効な結合を同定し,最良のドッキング錯体の安定性が分子動力学シミュレーションによって分析された。本研究は,XynBとXyl3が,それぞれ,-5.96kcal/molと-4.2kcal/molの結合エネルギーで,キシロビオースに対するより良い効果を示した。相互作用は脱溶媒和エネルギー(-6.59および-7.91)を有するいくつかの水素結合によって安定化した。ドッキング錯体の立体配座安定性を,MDシミュレーションによりXynB-キシロトリオース,XynB-キシロテトラオース,Xyl3-キシロビオース,およびXyn3-キシロトリオースの4つの選択された錯体で観察した。本研究は,これら4つの錯体の相互作用が安定であり,それらが互いに複雑な代謝活性を有することを示した。理解のこれらの研究を拡張することにより,特異的プロバイオティクス酵素とそれらのリガンド間の相互作用は,将来におけるシンバイオティクスの詳細な設計を探索することができる。Copyright The Author(s), under exclusive licence to Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature 2021 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 水素結合 ,  相互作用 ,  ドッキング ,  基質 ,  *タンパク質 ,  ミクロフローラ ,  キシロシダーゼ ,  *Lactobacillus brevis ,  プロバイオティクス ,  ペントース ,  アルドース ,  キシロシド ,  二糖類 ,  ピラノシド ,  還元糖 ,  三糖類
準シソーラス用語： エンド-1,4-βキシラナーゼ ,  *キシロオリゴ糖 ,  バイオインフォマティクス ,  *Bifidobacterium adolescentis , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 分子ドッキング ,  キシロース ,  キシロビオース ,  キシロトリオース ,  キシロテトラオース ,  キシロオリゴ糖(XOS) ,  プレバイオティクス

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  酵素生理  (EG03052C)

物質索引 (2件)： キシロビオース ,  キシロトリオース

タイトルに関連する用語 (6件)： Lactobacillus ,  Bifidobacterium ,  キシロオリゴ糖 ,  理解 ,  蛋白質 ,  立体配座安定性