文献

J-GLOBAL ID：202202245993001465   整理番号：22A1160694

分子動力学由来記述子は基質を横切るラクトナーゼにおける触媒ターンオーバー数に及ぼす突然変異の影響を知らせる【JST・京大機械翻訳】

Molecular Dynamics-Derived Descriptor Informs the Impact of Mutation on the Catalytic Turnover Number in Lactonase Across Substrates

著者 (8件)： Jiang Yaoyukun (Department of Chemistry, Vanderbilt University, Tennessee, United States) ,  Yan Bailu (Department of Biostatistics, Vanderbilt University, Tennessee, United States) ,  Chen Yu (School of Chemistry and Chemical Engineering, Nanjing University, Jiangsu, China) ,  Juarez Reecan J. (Chemical and Physical Biology Program, Vanderbilt University, Tennessee, United States) ,  Yang Zhongyue J. (Department of Chemistry, Vanderbilt University, Tennessee, United States) ,  Yang Zhongyue J. (Center for Structural Biology, Vanderbilt University, Tennessee, United States) ,  Yang Zhongyue J. (Vanderbilt Institute of Chemical Biology, Vanderbilt University, Tennessee, United States) ,  Yang Zhongyue J. (Data Science Institute, Vanderbilt University, Tennessee, United States)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 126  号： 13  ページ： 2486-2495  発行年： 2022年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子動力学シミュレーションは,酵素触媒作用の仲介における蛋白質動力学の役割を明らかにするために広く採用されている。しかしながら,触媒ターンオーバー数に対する変異の影響に情報を与える,シミュレーション由来予測記述子は,あまり検討されていない。本研究では,天然及び非天然基質の両方を有するラクトナーゼSsoPoxのターンオーバー数に及ぼす変異効果を予測するための分子モデリング由来記述子の同定を報告する。研究は,2つの基質を有する5つの酵素変異体の組合せから生じる10の酵素-基質複合体から成る。各錯体について,分子動力学シミュレーションから15の記述子を導出し,主成分分析を適用して記述子の予測能力をランク付けした。活性部位ポケットに対する基質の溶媒接近可能表面積(SASA)比であるトップランクディスクリプタを同定した。均一な火山型プロットを,SASA比に対する実験的活性化自由エネルギーの分布で観察した。効率的なラクトナーゼ加水分解を達成するために,非天然基質結合酵素変異体は,天然基質結合野生型酵素に対するSASA比の類似した範囲を含む必要がある。記述子は,酵素活性部位ポケットが反応のための基質をいかに良好に収容するかを反映し,それは非天然化学変換のための酵素反応ターンオーバーの最適化を導く可能性を有する。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 最適化 ,  計算機シミュレーション ,  酵素 ,  加水分解 ,  *基質 ,  *突然変異 ,  突然変異体 ,  活性部位 ,  *ターンオーバー ,  主成分分析 ,  *分子動力学 ,  野生型 ,  *ターンオーバー数 ,  統制索引語
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション ,  *ラクトナーゼ , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (7件)： 分子動力学 ,  記述子 ,  基質 ,  ラクトナーゼ ,  触媒 ,  ターンオーバー数 ,  突然変異