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J-GLOBAL ID：202202252174885562   整理番号：22A0297426

ビルベリーゲノムの染色体規模集合はベリーアントシアニン組成を制御する複雑な遺伝子座を同定する【JST・京大機械翻訳】

A chromosome-scale assembly of the bilberry genome identifies a complex locus controlling berry anthocyanin composition

著者 (29件)： Wu Chen (The New Zealand Institute for Plant and Food Research Limited (PFR), Auckland, New Zealand) ,  Wu Chen (Genomics Aotearoa, Dunedin, New Zealand) ,  Deng Cecilia (The New Zealand Institute for Plant and Food Research Limited (PFR), Auckland, New Zealand) ,  Deng Cecilia (Genomics Aotearoa, Dunedin, New Zealand) ,  Hilario Elena (The New Zealand Institute for Plant and Food Research Limited (PFR), Auckland, New Zealand) ,  Hilario Elena (Genomics Aotearoa, Dunedin, New Zealand) ,  Albert Nick W. (PFR, Palmerston North, New Zealand) ,  Lafferty Declan (PFR, Palmerston North, New Zealand) ,  Lafferty Declan (School of Biological Sciences, University of Auckland, Auckland, New Zealand) ,  Grierson Ella R. P. (PFR, Palmerston North, New Zealand) ,  Plunkett Blue J. (The New Zealand Institute for Plant and Food Research Limited (PFR), Auckland, New Zealand) ,  Elborough Caitlin (The New Zealand Institute for Plant and Food Research Limited (PFR), Auckland, New Zealand) ,  Saei Ali (BioLumic Limited, Palmerston North, New Zealand) ,  Guenther Catrin S. (The New Zealand Institute for Plant and Food Research Limited (PFR), Auckland, New Zealand) ,  Ireland Hilary (The New Zealand Institute for Plant and Food Research Limited (PFR), Auckland, New Zealand) ,  Yocca Alan (Department of Plant Biology, Michigan State University, East Lansing, Michigan, USA) ,  Yocca Alan (Department of Horticultural Science, Michigan State University, East Lansing, Michigan, USA) ,  Edger Patrick P. (Department of Plant Biology, Michigan State University, East Lansing, Michigan, USA) ,  Jaakola Laura (Department of Arctic and Marine Biology, UiT the Arctic University of Norway, Tromso, Norway) ,  Jaakola Laura (NIBIO, Norwegian Institute of Bioeconomy Research, Ås, Norway) ,  Karppinen Katja (Department of Arctic and Marine Biology, UiT the Arctic University of Norway, Tromso, Norway) ,  Grande Adrian (PFR, Palmerston North, New Zealand) ,  Kylli Ritva (History, Culture and Communication studies, University of Oulu, Oulu, Finland) ,  Lehtola Veli-Pekka (Giellagas Institute, University of Oulu, Oulu, Finland) ,  Allan Andrew C. (The New Zealand Institute for Plant and Food Research Limited (PFR), Auckland, New Zealand) ,  Allan Andrew C. (School of Biological Sciences, University of Auckland, Auckland, New Zealand) ,  Espley Richard V. (The New Zealand Institute for Plant and Food Research Limited (PFR), Auckland, New Zealand) ,  Chagne David (Genomics Aotearoa, Dunedin, New Zealand) ,  Chagne David (PFR, Palmerston North, New Zealand)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 22  号： 1  ページ： 345-360  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ビルベリー(Vaccinium myrtillus L.)はVaccinium属に属し,ブルーベリー(Vaccinium spp.)とクランベリー(V.macrocarpon)を含む。栽培された近縁種と異なり,ビルベリーは,野生からほとんど完全に収穫するベリーの多くが残っている。このように,それはゲノム分析のための理想的な標的であり,家畜化Vaccinium種との比較を提供する。ビルベリーは,その味と健康特性のために賞味され,北ヨーロッパの土着住民にとって必須栄養を提供した。それは高濃度の植物栄養素を含み,おそらく,果皮と果肉の両方に見られる紫着色アントシアニンである。ここでは,Oxford Nanopore(ONT)とHi-C技術を使用して組み立てられた12の偽染色体から成る最初のビルベリーゲノムアセンブリを提示する。偽染色体は16.3のLAIスコアで96.6%の完全BUSCO遺伝子を代表し,ブルーベリーゲノムに対するシンテニーの高い保存を示した。Kmer分析は異常な第3ピークを示し,配列試料が2個体から来ることを示した。代替対立遺伝子はパージされ,最終集合は1つのハプロタイプのみを表す。合計36,404の遺伝子は,集合のほぼ48%が反復を除去するためにマスクされた後に注釈された。ゲノム品質を説明するために,複雑なMYBA遺伝子座を記述し,アントシアニン産生を決定する重要な調節MYB遺伝子を同定した。新しいビルベリーゲノムはVaccinium種のゲノム資源と知識上に構築され,育種プログラムが改良するという品質属性のいくつかを支える遺伝学の理解を助ける。ビルベリーとブルーベリーゲノム間のシンテニーの高い保存は,比較ゲノムマッピングが,重要な特性に関与する遺伝子座がオルソロガスであるので,これらの2つの種間のマーカー-形質関連に関する知識を伝達するのに適用できることを意味する。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  *染色体 ,  ブルーベリー ,  品質特性 ,  *ゲノム ,  果肉 ,  果皮 ,  生物分類 ,  対立遺伝子 ,  *アントシアニン ,  ハプロタイプ ,  スノキ属
準シソーラス用語： クランベリー ,  シンテニー ,  *ベリー類 ,  近縁種 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： アントシアニン ,  ビルベリー ,  ブルーベリー ,  ゲノム ,  MYB ,  Vaccinium

分類 (2件)： 果実とその加工品  (FJ11030Z) ,  植物の生化学  (EH01050J)

タイトルに関連する用語 (8件)： 染色体 ,  規模 ,  集合 ,  ベリー ,  アントシアニン ,  組成 ,  遺伝子座 ,  同定