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J-GLOBAL ID：202202256838351387   整理番号：22A0970302

Bacillus aryabhattai由来リポペプチドによるネズミチフス菌からのUDP-N-アセチルグルコサミン1-カルボキシビニルトランスフェラーゼの阻害に関するin silico研究【JST・京大機械翻訳】

In Silico Study on the Inhibition of UDP-N-Acetylglucosamine 1-Carboxy Vinyl Transferase from Salmonella typhimurium by the Lipopeptide Produced from Bacillus aryabhattai

著者 (4件)： Yaraguppi Deepak A. (Department of Biotechnology, KLE Technological University, Hubballi, Karnataka, India) ,  Bagewadi Zabin K. (Department of Biotechnology, KLE Technological University, Hubballi, Karnataka, India) ,  Deshpande Sanjay H. (Department of Biotechnology, KLE Technological University, Hubballi, Karnataka, India) ,  Chandramohan Vivek (Department of Biotechnology, Siddaganga Institute of Technology, Tumakuru, Karnataka, India)
資料名： International Journal of Peptide Research and Therapeutics  (International Journal of Peptide Research and Therapeutics)
巻： 28  号： 3  ページ： 80  発行年： 2022年 
JST資料番号： W4483A  ISSN： 1573-3904  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Salmonella typhimuriumに存在する蛋白質UDP-N-アセチルグルコサミン1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ(MurA)は細胞壁合成過程に関与する。MurAはペプチドグリカン生合成の経路に直接関与し,Salmonella typhimuriumの阻害に対する探索標的である。MurAで定義された2つの主要サイトは,UDP-N-アセチルグルコサミン結合部位と触媒反応中のプロトンドナーとしての活性部位であり,従って,これらの部位を遮断することはMurAの機能の阻止を助けることができる。Bacillus aryabhattai由来のイツリンAリポペプチドは,経験的データに基づいて,選択的分子ドッキングと分子動力学をイツリンAとMurAで実施して,以前の研究から抗菌性を持つことが知られている。分子ドッキング研究を,Autodockツールを用いて行い,その結果から,イツリンAとMurAの複合体が,ASN330,GLY118,ALA119,LYS88,TYR392およびTYR368の結合部位と-9.28kcal/molの結合親和性を示した。さらに,この錯体をGromacを用いて200nsの持続時間に対して分子動力学(MD)に供した。MD研究に基づき,MurA-Iturin A複合体のRMSDプロットは,動力学期間を通して安定であることが分かった。シミュレーションの最終20nsのMMPBSA分析は,蛋白質によるイツリンA(ITU)の結合エネルギーが,-167.275±18.951kJ/molであり,それによって,MurA(MUR)とイツリンA(ITU)の高い親和性を示した。得られたデータは,MurAに対するイツリンAの活性のような阻害剤を示した。図式図はCopyright The Author(s), under exclusive licence to Springer Nature B.V. 2022 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ドナー ,  陽子 ,  生合成 ,  *ペプチド ,  抗細菌作用 ,  細胞壁 ,  タンパク質 ,  活性部位 ,  *桿菌属 ,  結合部位 ,  複合体 ,  親和性 ,  分子動力学 ,  分子認識 ,  ペプチドグリカン
準シソーラス用語： *リポペプチド ,  分子ドッキング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： ネズミチフス菌 ,  MurA ,  イツリンA ,  Bacillus aryabhattai ,  分子ドッキング ,  分子動力学 ,  MM-PBSA

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (6件)： Bacillus ,  リポペプチド ,  ネズミチフス菌 ,  UDP-N-アセチルグルコサミン ,  阻害 ,  研究