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J-GLOBAL ID：202202264750582446   整理番号：22A1058253

分子ドッキング,分子動力学シミュレーションおよびMM-PBSAアプローチを用いたSARS-CoV-2のプライムターゲットに対する天然阻害剤の同定【JST・京大機械翻訳】

Identification of natural inhibitors against prime targets of SARS-CoV-2 using molecular docking, molecular dynamics simulation and MM-PBSA approaches

著者 (9件)： Sharma Abhilasha (B. V. Patel Pharmaceutical Education and Research Development (PERD) Centre, Ahmedabad, Gujarat, India) ,  Sharma Abhilasha (Registered Ph.D. student of Department of Life science, Gujarat University, Ahmedabad, Gujarat, India) ,  Vora Jaykant (B. V. Patel Pharmaceutical Education and Research Development (PERD) Centre, Ahmedabad, Gujarat, India) ,  Vora Jaykant (Registered Ph.D. student of Department of Life science, Gujarat University, Ahmedabad, Gujarat, India) ,  Patel Dhaval (Department of Biological Sciences and Biotechnology, Indian Institute of Advanced Research, Koba Institutional Area, Gandhinagar, Gujarat, India) ,  Sinha Sonam (B. V. Patel Pharmaceutical Education and Research Development (PERD) Centre, Ahmedabad, Gujarat, India) ,  Sinha Sonam (Registered Ph.D. student of Department of Life science, Gujarat University, Ahmedabad, Gujarat, India) ,  Jha Prakash C. (School of Applied Material Sciences, Central University of Gujarat, Gandhinagar, India) ,  Shrivastava Neeta (B. V. Patel Pharmaceutical Education and Research Development (PERD) Centre, Ahmedabad, Gujarat, India)
資料名： Journal of Biomolecular Structure and Dynamics  (Journal of Biomolecular Structure and Dynamics)
巻： 40  号： 7  ページ： 3296-3311  発行年： 2022年 
JST資料番号： W5935A  ISSN： 0739-1102  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 最近出現したCOVID-19は,世界保健機構によって,今日まで,流行を宣言した。治療薬/ワクチンは治療に利用できない。時間の欠如とパンデミックを含む緊急性のため,計算スクリーニングは治療解決策を見つけるための最良のツールであるように思われる。蓄積された証拠は,多くの植物化合物が抗ウイルス活性を持つことを示唆する。したがって,COVID-19処理に開発および使用できる可能性のある植物化合物を同定した。特に,分子ドッキングを用いて,SARS-CoV-2のRNA依存性RNAポリメラーゼ(RdRp)および主要プロテアーゼ(Mpro)の2つの重要な標的に対する可能な活性植物化合物を優先した。本研究では,抗ウイルス薬-レムデシビル(RdRp阻害剤)とダランビル(Mpro阻害剤)を参照薬物として使用した。この研究は,植物-分子-Mulberroside-A/C/E/F,Emblicanin A,Nimbolide,およびPuniグルコニンが,RdRpに対して高い結合親和性を示し,一方,アンドログラホリド,Mulberrosides,Anoリグナンs,Chebullic酸,Mimusopic酸,およびPuniグルコニンは,参照薬物と比較して,Mproに対してより良い結合親和性を示した。さらに,ADMEプロファイルは優先植物化合物の薬物様特性を検証した。さらに,安定性を評価するために,MDシミュレーション研究を,Mpro(ダルナビル)およびRdRp(Remdesivir)に対する参照阻害剤と共に行った。結合自由エネルギー計算(MM-PBSA)は,Mpro_Darunaviaの推定値(ΔG)を明らかにした。Mpro_Mulberroside E;RdRp_RemdesivirおよびRdRp_Emblicain Aは,それぞれ-111.62±6.788,-141.443±9.313,30.782±5.85および-89.424±3.130kJmol-1であった。まとめると,本研究は,臨床的利点のためにSARS-CoV-2に対してさらに検証できるRdRpおよびMpro阻害剤の阻害剤として,これらの植物化合物の可能性を明らかにした。Ramaswamy H.Sarmaによって共用した。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ターゲット ,  *計算機シミュレーション ,  *ドッキング ,  抗ウイルス作用 ,  抗ウイルス薬 ,  ワクチン ,  ペプチド結合ヒドロラーゼ ,  リグナン ,  親和性 ,  RNAレプリカーゼ ,  化合物 ,  推定量 ,  *分子動力学 ,  スクリーニング ,  *分子認識
準シソーラス用語： 結合親和性 ,  ADME ,  *分子動力学シミュレーション ,  *分子ドッキング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： COVID-19 ,  植物化合物 ,  分子ドッキング ,  SARS-CoV-2 ,  分子動力学 ,  MM-PBSA

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  抗ウイルス薬の基礎研究  (GW17040O)

タイトルに関連する用語 (7件)： 分子ドッキング ,  分子動力学シミュレーション ,  PBSA ,  SARS-CoV-2 ,  ターゲット ,  阻害剤 ,  同定