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J-GLOBAL ID：202202269848670278   整理番号：22A1025216

北京黒ブタの集団遺伝構造と選択シグネチャ解析【JST・京大機械翻訳】

Population Genetic Structure and Selection Signature Analysis of Beijing Black Pig

著者 (13件)： Yang Wenjing (1College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Liu Zhen (1College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Zhao Qiqi (1College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Du Heng (1College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Yu Jian (1College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Wang Hongwei (2Beijing Heiliu Stockbreeding Technology Co.,Ltd, Beijing, China) ,  Liu Xiance (2Beijing Heiliu Stockbreeding Technology Co.,Ltd, Beijing, China) ,  Liu Hai (2Beijing Heiliu Stockbreeding Technology Co.,Ltd, Beijing, China) ,  Jing Xitao (2Beijing Heiliu Stockbreeding Technology Co.,Ltd, Beijing, China) ,  Yang Hongping (2Beijing Heiliu Stockbreeding Technology Co.,Ltd, Beijing, China) ,  Shi Guohua (2Beijing Heiliu Stockbreeding Technology Co.,Ltd, Beijing, China) ,  Zhou Lei (1College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Liu Jianfeng (1College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 860669  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 北京黒豚は,中国の優れた栽培黒ブタ品種であり,望ましい体形,柔らかい肉質,および堅牢な耐病性がある。北京黒豚の混和物と選択シグネチャのレベルを調査するために,9つのブタ品種をカバーする合計90の個体を,北京黒ブタ,大型白,ランドレース,デュロック,ランタングブタ,Luchuanブタ,Mashenブタ,Huainanブタ,およびMinブタを含む著者らの研究で使用した。これらの動物は,平均で18.19倍マッピングされた読取深度で再配列された。一般的に,著者らは,北京黒豚が,個体群遺伝構造と遺伝的多様性分析によって,市販ブタ品種に遺伝的に近づき,また,中国の国内品種HuainanブタとMinブタによって影響を受けることを見出した。これらの結果は,Beijing(北京)黒豚の交配履歴と一致した。選択信号検出は,3つのブタ品種,北京黒豚,デュロックおよび大型ホワイトについて,3つの補完的方法(F_ST,θπ,およびXP-EHH)を用いて実行した。全体で,1167の重要な選択領域と392の候補遺伝子を同定した。機能的アノテーションは,免疫過程および肉および脂質代謝に関連する経路に富んでいた。最終的に,潜在的候補遺伝子,肉質(GPHA2,EHD1,HNF1A,C12orf43,GLTP,TRPV4,MVK,およびMMAB),生殖(PPP2R5BとMAP9),および耐病性(OASL,ANKRD13A,およびGIT2)を,遺伝子アノテーション分析によってさらに検出した。著者らの結果は,北京黒豚の人工選択の背後にある遺伝的メカニズムの理解を進め,この品種のその後の育種と遺伝学的研究の理論的基礎を提供した。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 品質 ,  *遺伝 ,  遺伝子 ,  生殖 ,  *ブタ ,  脂質代謝 ,  栽培 ,  品種 ,  耐病性 ,  交配 ,  肉畜 ,  食品特性 ,  ロバスト性 ,  アノテーション
準シソーラス用語： デュロック ,  ランドレース ,  肉質 ,  候補遺伝子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 全ゲノム配列決定 ,  黒いブタの北京 ,  遺伝的多様性 ,  選択領域 ,  候補遺伝子

分類 (1件)： 豚  (FD02040U)

引用文献 (45件)：

• BegM., SrivastavaA., ShankarK., VarshneyS., RajanS., GuptaA., et al (2016). PPP2R5B, a Regulatory Subunit of PP2A, Contributes to Adipocyte Insulin Resistance. Mol. Cell. Endocrinol. 437, 97-107. doi: 10.1016/j.mce.2016.08.016
• BolormaaS., NetoL. R. P., ZhangY. D., BunchR. J., HarrisonB. E., GoddardM. E., et al (2011). A Genome-wide Association Study of Meat and Carcass Traits in Australian Cattle1. J. Anim. Sci. 89, 2297-2309. doi: 10.2527/jas.2010-3138
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• CeballosF. C., JoshiP. K., ClarkD. W., RamsayM., WilsonJ. F. (2018). Runs of Homozygosity: Windows into Population History and Trait Architecture. Nat. Rev. Genet. 19, 220-234. doi: 10.1038/nrg.2017.109
• ChenS., ZhouY., ChenY., GuJ. (2018). Fastp: an Ultra-fast All-In-One FASTQ Preprocessor. Bioinformatics 34, i884-i890. doi: 10.1093/bioinformatics/bty560

タイトルに関連する用語 (5件)： 北京 ,  黒 ,  ブタ ,  集団遺伝構造 ,  シグネチャ解析