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J-GLOBAL ID：202202278524313935   整理番号：22A1058161

アンデス地域の薬用植物からの植物化学物質によるSARS-CoV-2の3CLproとRdRpの標的化:分子ドッキングと分子動力学シミュレーション【JST・京大機械翻訳】

Targeting the 3CLpro and RdRp of SARS-CoV-2 with phytochemicals from medicinal plants of the Andean Region: molecular docking and molecular dynamics simulations

著者 (6件)： Mosquera-Yuqui Francisco (Departamento de Ciencias de La Vida y La Agricultura, Universidad de Las Fuerzas Armadas-ESPE, Sangolqui, Ecuador) ,  Mosquera-Yuqui Francisco (Grupo de Investigacion y Desarrollo de la Biotecnologia BioSin-Biociencias, Quito, Ecuador) ,  Lopez-Guerra Nicolas (Grupo de Investigacion y Desarrollo de la Biotecnologia BioSin-Biociencias, Quito, Ecuador) ,  Lopez-Guerra Nicolas (Oklahoma State University, Stillwater, OK, USA) ,  Moncayo-Palacio Eduardo A. (Grupo de Investigacion y Desarrollo de la Biotecnologia BioSin-Biociencias, Quito, Ecuador) ,  Moncayo-Palacio Eduardo A. (Departamento de Quimica y Ciencias Exactas, Universidad Tecnica Particular de Loja, Loja, Ecuador)
資料名： Journal of Biomolecular Structure and Dynamics  (Journal of Biomolecular Structure and Dynamics)
巻： 40  号： 5  ページ： 2010-2023  発行年： 2022年 
JST資料番号： W5935A  ISSN： 0739-1102  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： SARS-CoV-2の高度に伝染する性質を考えると,それは世界中のCOVID-19感染と死んだ人々の前例のない数をもたらした。現在市場で利用可能なワクチンがないので,潜在的薬剤の同定は,パンデミックを制御するために緊急に必要である。本研究では,Andean地域で生育する薬用植物由来の92の植物化学物質を,分子ドッキングを介してそれらの活性部位においてSARS-CoV-23C様プロテアーゼ(3CLpro)およびRNA依存性RNAポリメラーゼ(RdRp)に対してスクリーニングした。カットオフ値は,COVID-19患者(レムデスビル,ロピナビルおよびリトナビル)の治療に使用されるFDA承認薬の最低ドッキングスコアからセットされた。カットオフ値より低いドッキングスコアを有する化合物は,二乗平均平方根偏差(RMSD),二乗平均平方根変動(RMSF),回転半径(Rg),および分子間水素結合(H-結合)を用いて,GROMACSによる分子動力学シミュレーションによって検証された。さらに,結合自由エネルギーをMM-PBSA法を用いて推定し,潜在的阻害剤のADMETプロファイルを評価した。コンピュータ分析は,ヘスペリジンとの相互作用(理論的結合エネルギー,ΔG_bind=-15.18kcal/molから3CLproとΔG_bind=-9.46kcal/molからRdRp)が両酵素で安定であり,COVID-19を治療するための可能なマルチターゲット抗ウイルス剤としての顕著な可能性を明らかにした。重要なことに,ヘスペリジン(ΔG_bind=-20.93kcal/mol)よりも高い3CLproに対する推定結合親和性を有するルピナホリンも3CLproの潜在的阻害剤であった。これらの2つの化合物は,薬物候補に適切な薬理学的および構造的特性を示し,さらなる研究に値することを示した。Ramaswamy H.Sarmaによって共用した。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  *計算機シミュレーション ,  *ドッキング ,  抗ウイルス薬 ,  ワクチン ,  活性部位 ,  ペプチド結合ヒドロラーゼ ,  RNAレプリカーゼ ,  *分子動力学 ,  *ターゲティング ,  *分子認識 ,  コンピュータ
準シソーラス用語： 結合親和性 ,  *分子動力学シミュレーション ,  *分子ドッキング ,  GROMACS , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： SARS-CoV-2 ,  分子ドッキング ,  分子動力学 ,  MM-PBSA ,  ADMET

分類 (2件)： 抗ウイルス薬の基礎研究  (GW17040O) ,  酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究  (GW21010W)

物質索引 (1件)： ロピナビル

タイトルに関連する用語 (7件)： 地域 ,  薬用植物 ,  植物化学物質 ,  SARS-CoV-2 ,  標的化 ,  分子ドッキング ,  分子動力学シミュレーション