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J-GLOBAL ID：202202284109816886   整理番号：22A0635924

大規模合成ナノ構造を介したDNA輸送の多重解像度シミュレーション【JST・京大機械翻訳】

Multi-resolution simulation of DNA transport through large synthetic nanostructures

著者 (3件)： Choudhary Adnan (Department of Physics, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, IL 61801, USA. [e-mail]) ,  Maffeo Christopher ,  Aksimentiev Aleksei
資料名： Physical Chemistry Chemical Physics  (Physical Chemistry Chemical Physics)
巻： 24  号： 5  ページ： 2706-2716  発行年： 2022年 
JST資料番号： A0271C  ISSN： 1463-9076  CODEN： PPCPFQ  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： モデリングとシミュレーションはナノポアセンシングシステムの開発における貴重なパートナーとなっている。ナノ細孔センシング法の重要な利点は,ナノポアを通して流れるイオン電流の過渡的還元として個々の生体分子を迅速に検出する能力も,現在の信号自体が生体分子の化学構造に関する直接情報をほとんど提供しないので,その重要な欠陥である。ナノ細孔センサ読出し,粗粒および全原子分子動力学シミュレーションの相補的実験キャリブレーションを,ナノポア転位過程を特性化し,ナノポア内部で起こる微視的事象を,実験的に測定したイオン電流遮断に接続するために広範囲に使用した。しかし,従来の粗粒シミュレーションは原子分解能によるイオン電流遮断を予測するのに必要な精度を欠いているが,従来の全原子シミュレーションは方法に従う長さと時間スケールによって制限される。ここでは,合成ナノポア系のスケールモデルを通して,DNA分子およびナノ構造の電場駆動通路をモデル化するための多重解像度フレームワークについて述べた。固相ナノポアとミクロンスケールのスリット,二重ナノポア系における一本鎖DNAの捕獲と転座,およびナノキャピラリーを介したDNA折り紙ナノ構造通過からのイオン電流読み出しのモデリングにより,二本鎖DNAの転座をシミュレートする方法を説明した。この多重解像度シミュレーションフレームワークは,リーダーシップスーパーコンピュータ施設へのアクセスを持たない研究室に対する正確な,スケールモデリング能力を提供することにより,ナノポア分野の開発を支援することを期待する。Copyright 2022 Royal Society of Chemistry All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *シミュレーション ,  電場 ,  計算機シミュレーション ,  *DNA【核酸】 ,  モデリング ,  固相 ,  一本鎖DNA ,  転座 ,  *ナノ構造 ,  イオン電流
準シソーラス用語： 化学構造 ,  ナノ細孔 ,  生体分子 ,  二本鎖DNA ,  原子論的シミュレーション ,  全原子分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 生物科学研究法一般  (EA03010K) ,  固体中の拡散一般  (BL06021L) ,  管内流  (BC02090Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： 大規模 ,  ナノ構造 ,  DNA ,  輸送 ,  多重解像度 ,  シミュレーション