文献

J-GLOBAL ID：202202291510155073   整理番号：22A0480598

生存薬物標的としてのPlasmodium falciparum RNAプソイドウリジル酸シンターゼの計算同定,その物理化学的性質,3D構造予測および潜在的阻害剤の予測【JST・京大機械翻訳】

Computational identification of Plasmodium falciparum RNA pseudouridylate synthase as a viable drug target, its physicochemical properties, 3D structure prediction and prediction of potential inhibitors

著者 (9件)： Afolabi Rufus (Covenant University Bioinformatics Research, Covenant University, Km 10 Idiroko Road, P.M.B., 1023 Ota, Ogun State, Nigeria) ,  Afolabi Rufus (Department of Biochemistry, Covenant University, Km 10 Idiroko Road, P.M.B., 1023 Ota, Ogun State, Nigeria) ,  Chinedu Shalom (Department of Biochemistry, Covenant University, Km 10 Idiroko Road, P.M.B., 1023 Ota, Ogun State, Nigeria) ,  Ajamma Yvonne (Covenant University Bioinformatics Research, Covenant University, Km 10 Idiroko Road, P.M.B., 1023 Ota, Ogun State, Nigeria) ,  Adam Yagoub (Covenant University Bioinformatics Research, Covenant University, Km 10 Idiroko Road, P.M.B., 1023 Ota, Ogun State, Nigeria) ,  Koenig Rainer (Integrated Research and Treatment Center, Center for Sepsis Control and Care (CSCC), Jena University Hospital, Systems Biology of Sepsis, Kollegiengasse 10, 07743 Jena, Germany) ,  Adebiyi Ezekiel (Covenant University Bioinformatics Research, Covenant University, Km 10 Idiroko Road, P.M.B., 1023 Ota, Ogun State, Nigeria) ,  Adebiyi Ezekiel (Department of Computer and Information Sciences, Covenant University, Km 10 Idiroko Road, P.M.B., 1023 Ota, Ogun State, Nigeria) ,  Adebiyi Ezekiel (Division of Applied Bioinformatics, German Cancer Research Center (DKFZ), G200, Im Neuenheimer Feld 280, 69120 Heidelberg, Germany)
資料名： Infection, Genetics and Evolution  (Infection, Genetics and Evolution)
巻： 97  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： A1228A  ISSN： 1567-1348  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Plasmodium falciparumに対する現在有効な抗マラリア薬に対する耐性の増加はマラリア治療のための新しい薬剤の開発を必要とする。多くの蛋白質は,P.falciparumマラリア感染の治療に対する潜在的薬物標的として様々な手段を用いて予測されている。一方,潜在的標的の3次元(3D)構造を予測する研究はわずかであった。したがって,本研究は,死んだマラリア寄生虫P.falciparumに対する潜在的抗マラリア薬標的を予測し,3D構造と標的の一つの可能な阻害剤を決定することを目的とした。著者らは,P.falciparumにおける適切な薬物標的を予測するために機械学習法を用いた。予測された蛋白質標的の5つは,それらがヒト対応物に非相同であるので,潜在的薬物標的として考えられた。これらのうち,著者らは物理化学的性質を決定し,3D構造を予測し,P.falciparum RNAプソイドウリジル酸シンターゼ,推定(PfRPuSP)のドッキングに基づく仮想スクリーニングを行った。PfRPuSPは潜在的5つの標的蛋白質の1つであった。ホモロジーモデリングとab initio法を用いて,PfRPuSPの3D構造を予測した。次に,5621分子の化合物ライブラリーを,対照阻害剤として5-フルオロウリジンを用いてPubChemとChEMBLデータベースから構築した。ドッキングに基づく仮想スクリーニングを,高い結合親和性を有する化合物を選択するために,Autodock 4.2およびAutodock Vinaを用いて行った。ドッキング後に手動で検査された881化合物からの結合エネルギーに基づいて,合計11の化合物を選択した。PfRPuSPの活性部位の残基と顕著な相互作用を示す11の化合物のうちの7つを分析した。これらの化合物は,対照阻害剤と比較して良好に機能し,5-フルオロウリジンより良好に結合すると予測した。これらの7つの化合物は抗マラリア治療のための新しい潜在的リード構造として示唆される。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  データベース ,  ドッキング ,  *RNA【核酸】 ,  抗マラリア薬 ,  タンパク質 ,  ヒト ,  マラリア ,  活性部位 ,  *三次元 ,  ab initio法 ,  *Plasmodium falciparum ,  機械学習 ,  *合成酵素
準シソーラス用語： バーチャルスクリーニング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 代謝ネットワーク ,  ホモロジーモデリング ,  抗マラリア薬 ,  仮想スクリーニング ,  阻害剤 ,  薬物標的

分類 (1件)： 抗原虫薬・駆虫薬の基礎研究  (GW17080G)

タイトルに関連する用語 (13件)： 生存 ,  薬物標的 ,  Plasmodium ,  RNA ,  酸 ,  シンターゼ ,  計算 ,  同定 ,  物理化学的性質 ,  3D ,  構造予測 ,  阻害剤 ,  予測