- 2021/10/13 - Bioindustry Association 5th Bioindustry Awards GRAND PRIX Pioneering Research on Systems Biology and their Industrialization for Regional Promotion
- 2019 - 公益財団法人河北文化事業団 第68回河北文化賞
- 2019 - 公益財団法人 河北文化事業団 第68回河北文化賞 東北の研究施設として最先端の研究成果を上げ、地域産業の活性化に寄与
- 2017/11 - Yamagata Prefectural Government Yamagata Special Achievement Award
- 2017/06/28 - International Metabolomics Society Lifetime Honorary Fellow
- 2016/12/06 - WIRED Audi INNOVATION AWARD 2016
- 2016/10/01 - City of Tsuruoka, Yamagata Prefecutre Tsuruoka Achievement Award
- 2016/10/01 - 山形県鶴岡市 山形県鶴岡市 市政功労者
- 2015 - Thomson Reuters Highly Cited Researcher
- 2014 - Japan Science and Technology Agency 大学発ベンチャー表彰 特別賞
- 2014 - Award for Academic Startups
- 2014 - Japan Science and Technology Agency Award for Academic Startups
- 2009/11/13 - 平成21年度 福澤賞
- 2009/11/13 - 福澤賞
- 2009/11/13 - 福澤賞
- 2009/09/02 - International Metabolomics Society Distinguished Service Award
- 2009/09/02 - Recognition of Distinguished Service, International Society of Metabolomics
- 2009/09/02 - Recognition of Distinguished Service, International Society of Metabolomics
- 2007/04/17 - 文部科学省 平成19年度 文部科学大臣表彰 科学技術賞
- 2007/04/17 - The Commendation for Science and Technology by the Minister of Education, Culture, Sports, Science and Technology
- 2007/04/17 - Ministry of education The Commendation for Science and Technology by the Minister of Education, Culture, Sports, Science and Technology メタボローム解析技術開発に基づくバイオマーカーの探索研究
- 2004/06/03 - 平成16年度 産学官連携功労者表彰 科学技術政策担当大臣賞 「メタボローム(全代謝物質)解析技術の開発と実用化」
- 2004/06/03 - 平成16年度産学官連携功労者表彰 科学技術政策担当大臣賞 「メタボローム(全代謝物質)解析技術の開発と実用化」
- 2004/06/03 - 平成16年度産学官連携功労者表彰 科学技術政策担当大臣賞 「メタボローム(全代謝物質)解析技術の開発と実用化」
- 2003/11/17 - 米国 IBM Corporation IBM Shared University Research Award E-CELL project
- 2003/11/17 - IBM Shared University Research Award E-CELL project
- 2002/11/25 - 日本IBM株式会社 第16回 日本IBM科学賞
- 2002/11/25 - 日本アイ・ビー・エム株式会社 第16回 日本IBM科学賞(コンピューターサイエンス)
- 2002/11/25 - 日本アイ・ビー・エム株式会社 第16回 日本IBM科学賞<コンピューターサイエンス>
- 2002/08/08 - 国際計算生物学会(International Society for Computational Biology) ,Intelligent Systems for Molecular Biology(ISMB2002)に於いて ISMB Best Poster Award
- 2002/08/08 - 国際計算生物学会(International Society for ComputationalBiology) ,Intelligent Systems for Molecular Biology(ISMB2002)に於いて ISMB Best Poster Award
- 1999/07 - 読売テクノ・フォーラム 第5回 ゴールドメダル賞 コンピューターを用いた仮想的細胞(電子細胞)の構築-遺伝子情報の統合的解析への新手法
- 1999/07 - 読売新聞後援東京テクノフォーラム21 ゴールドメダル賞 遺伝子情報の統合的解析への新手法
- 1998 - 学校法人慶應義塾 義塾賞 生命情報科学におけるパイオニア的研究
- 1998 - International Biographical Centre, England Gold Star Award
- 1997 - The Fifth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology The Best-Poster-of-the Conference Award
- 1997 - American Biographical Institute, USA Twentieth Century Achievement Award
- 1996 - 財団法人私立大学情報教育協会 第三回情報教育協会賞
- 1988 - Presidential Young Investigators Award From National Science Foundation
- 1988 - 米国立科学財団大統領奨励賞(Presidential Young Investigators Award From National Science Foundation)