Shinkai Akeo

Affiliation and department：
Homepage URL (2)： http://www.riken.jp/ , http://www.riken.jp/en/

Research field (5)： Applied biochemistry , Genomics , Functional biochemistry , Structural biochemistry , Molecular biology

Research keywords (5)： DNA , Gene , Protein , セントラルドグマ , CRISPR-Cas

Research theme for competitive and other funds (3)：

2016 - 2020 高分解能な立体構造解析による、高度好熱菌獲得免疫システムの解明
2013 - 2016 1つの細胞が持つ新奇なウイルス防御システムの体系的理解
2010 - 2013 mRNA発現解析に基づいた、機能未知遺伝子の分類

Papers (78)：

Jurre A Steens, Yifan Zhu, David W Taylor, Jack P K Bravo, Stijn H P Prinsen, Cor D Schoen, Bart J F Keijser, Michel Ossendrijver, L Marije Hofstra, Stan J J Brouns, et al. SCOPE enables type III CRISPR-Cas diagnostics using flexible targeting and stringent CARF ribonuclease activation. NATURE COMMUNICATIONS. 2021. 12. 1. 5033
David W. Taylor, Yifan Zhu, Raymond H. J. Staals, Jack E. Kornfeld, Akeo Shinkai, John van der Oost, Eva Nogales, Jennifer A. Doudna. Structures of the CRISPR-Cmr complex reveal mode of RNA target positioning. SCIENCE. 2015. 348. 6234. 581-585
Hideaki Takano, Yoshihiro Agari, Kenta Hagiwara, Ren Watanabe, Ryuta Yamazaki, Teruhiko Beppu, Akeo Shinkai, Kenji Ueda. LdrP, a cAMP receptor protein/FNR family transcriptional regulator, serves as a positive regulator for the light-inducible gene cluster in the megaplasmid of Thermus thermophilus. MICROBIOLOGY-SGM. 2014. 160. 2650-2660
Raymond H. J. Staals, Yifan Zhu, David W. Taylor, Jack E. Kornfeld, Kundan Sharma, Arjan Barendregt, Jasper J. Koehorst, Marnix Vlot, Nirajan Neupane, Koen Varossieau, et al. RNA Targeting by the Type III-A CRISPR-Cas Csm Complex of Thermus thermophilus. MOLECULAR CELL. 2014. 56. 4. 518-530
Naoki Iwanaga, Kaori Ide, Takeshi Nagashima, Takeo Tomita, Yoshihiro Agari, Akeo Shinkai, Seiki Kuramitsu, Mariko Okada-Hatakeyema, Tomohisa Kuzuyama, Makoto Nishiyama. Genome-wide comprehensive analysis of transcriptional regulation by ArgR in Thermus thermophilus. EXTREMOPHILES. 2014. 18. 6. 995-1008

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MISC (10)：

Akeo Shinkai. Mechanism of activation of the Type III CRISPR effecter complex. SEIKAGAKU. 2021. 93. 6. 845-850
Akeo Shinkai. Structure and function of Type III-B CRISPR-Cmr complex from Thermus thermophilus. SEIKAGAKU. 2015. 87. 4. 454-458
Akeo Shinkai. Structure and function of CRISPR-Cas system. 2014. 54. 5. 247-252
新海暁男. 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8株のCRISPR-Cas系を構成するCmr複合体の構造と機能. ライフサイエンス新着論文レビュー. 2013
新海暁男. CRISPR. 生化学. 2011. 83. 9. 863

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Patents (7)：

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Books (2)：

Encyclopedia of Zoology
2018 ISBN:9784621303092
ポストシークエンスタンパク質実験法(2)試料調製法
東京化学同人 2002 ISBN:9784807911356

Lectures and oral presentations (62)：

Identification of the domain function of CDCA7 in the activity with chromatin-remodeling enzyme HELLS
(2023)
Functional interaction between chromatin remodeling enzyme HELLS and CDCA7 protein
(2021)
Toward biochemical study of the regulation of the de novo DNA methylation
(2019)
大腸菌無細胞タンパク質合成法を用いた、Thermus thermophilus CRISPR-Cmr複合体の再構成
(第39回日本分子生物学会年会 2016)
大腸菌無細胞タンパク質合成法を利用した、Thermus thermophilus CRISPR-Cmr複合体の再構成
(第89回日本生化学会大会 2016)

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Education (3)：

1988 - 1991 東京大学大学院農学系研究科博士後期課程(農芸化学専攻)
1986 - 1988 名古屋大学大学院農学研究科博士前期課程(農芸化学専攻)
1982 - 1986 Nagoya University School of Agricultural Sciences

Professional career (1)：

Doctor of Agliculture (The University of Tokyo)

Work history (5)：

2024/04 - 現在理化学研究所上級研究員
2002/10 - 2024/03 理化学研究所先任研究員
2006/04 - 2013/03 理化学研究所チームリーダー
1991/04 - 2002/09 協和発酵工業(株) 東京研究所研究員
1999/11 - 2001/06 ワシントン大学客員研究員

Committee career (3)：

2013/10 - 2017/09 BMC Microbiology Associate Editor
2012/07 - 2015/12 Structural Biology (Hindawi Publishing Corporation) Editorial Board
2012/03 - 2014/02 Dataset Papers in Biology (Hindawi Publishing Corporation) Editorial Board

Association Membership(s) (3)：

日本分子生物学会 , 日本生化学会 , 日本エピジェネティクス研究会

※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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