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J-GLOBAL ID：200902281502331230   Reference number：09A0494792

Verifying trivial parallelization of multicanonical molecular dynamics for conformational sampling of a polypeptide in explicit water

顕在する水分子中のポリペプチド立体配座サンプリングにおけるマルチカノニカル分子動力学のトリビアル並列化の検証

Author (5)： HIGO Junichi (The Center for Advanced Medical Engineering and Informatics, Osaka Univ., Open Laboratories for Advanced Bioscience ...) ,  KAMIYA Narutoshi (The Center for Advanced Medical Engineering and Informatics, Osaka Univ., Open Laboratories for Advanced Bioscience ...) ,  SUGIHARA Takanori (Next-Generation Supercomputer R&D Center, RIKEN, 2-1-1 Marunouchi, Chiyoda, Tokyo 100-0005, JPN) ,  YONEZAWA Yasushige (Inst. for Protein Res., Osaka Univ., Suita, Osaka 565-0871, JPN) ,  NAKAMURA Haruki (Inst. for Protein Res., Osaka Univ., Suita, Osaka 565-0871, JPN)
Material： Chemical Physics Letters  (Chem Phys Lett)
Volume： 473  Issue： 4-6  Page： 326-329  Publication year： May. 12, 2009 
JST Material Number： B0824A  ISSN： 0009-2614  Document type： Article
Article type： 短報  Country of issue： Netherlands (NLD)  Language： ENGLISH (EN)

Thesaurus term： *polypeptide ,  *steric conformation ,  parallelization ,  sampling (statistics) ,  conformational analysis ,  *molecular dynamics ,  trajectory (phase space) ,  nodal method ,  *Computer Simulation ,  water molecule ,  folded structure ,  convergence ,  energy distribution ,  temperature dependence ,  integration (unification) ,  Molecular Dynamics Simulation ,  *computer application ,  *utilization
Semi thesaurus term： マルチカノニカル分子動力学

JST classification (3)： Physical chemistry in general  (CB01010X) ,  Molecular structure  (EB03020Y) ,  Numerical computation  (JE02000J)

Terms in the title (8)： 水分子 ,  ペプチド立体配座 ,  サンプリング ,  マルチカノニカル分子動力学 ,  トリ ,  ビアル ,  並列化 ,  検証