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J-GLOBAL ID：200903007959667969

エキソンイントロンジャンクション決定装置および遺伝子領域決定装置並びにそれらの決定方法

Inventor：
林 崎 良 英

About 林 崎 良 英


Applicant, Patent owner：
理化学研究所

About 理化学研究所


Agent (1)： 佐藤 一雄 (外3名)
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：1999338560
Publication number (International publication number)：2001155009
Application date： Nov. 29, 1999
Publication date： Jun. 08, 2001
Summary：
【要約】【課題】 エキソンイントロンジャンクションを効率よく、かつ高精度で決定する装置およびその決定方法の提供。【解決手段】 ゲノム上の遺伝子領域内においてエキソンイントロンジャンクションを決定する装置であって、生物1のcDNAと、それに対応する生物2の遺伝子領域とを入力する入力部と、生物2の遺伝子領域において重複しない塩基数10以上の2つの配列iおよびjを抽出するジャンクション候補抽出部と、抽出された配列iおよび配列jについてs(i,j)=s(x,yij)-C{(b-j)+(i-a)-(B-A)}2 を計算する演算部と、s(i,j)が最大となるように配列iおよび配列jの組合せを選択するジャンクション決定部と、決定されたエキソンイントロンジャンクションの位置を出力する出力部とを含んでなる装置。
Claim (excerpt)：
ゲノム上の遺伝子領域内においてエキソンイントロンジャンクションを予測し、同定し、または決定する装置であって、生物1の全長cDNA配列またはその一部分(断片AB)と、それに対応する生物2のゲノム上の遺伝子領域(断片ab)とを入力する入力部と、入力された断片abにおいて重複しない塩基数10以上の2つの配列を抽出するジャンクション候補抽出部(ここで、断片ab中において5’末端側に存在する配列をiとし、3’末端側に存在する配列をjとする)と、抽出された配列iおよび配列jについて下記式で表されるs(i,j)を計算する演算部と、s(i,j)=s(x,yij)-C{(b-j)+(i-a)-(B-A)}2 (I)(上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) (II)であり、b-jは、生物2の遺伝子領域の3’末端から配列jの5’末端までの塩基数を表し、i-aは、生物2の遺伝子領域の5’末端から配列iの3’末端までの塩基数を表し、B-Aは、生物1のcDNAの塩基数を表し、Cは、比例係数であり、0〜10であり、v(k)は、xおよびyijのオーバーラップスコアを表し、ここで、xは生物1のcDNA配列であり、yijは配列iおよびjを連続してなる断片であり、kは1〜myijの整数を表し、Mはxとyijとのマトリックスを表し、ここで、xのa番目の塩基がyijのb番目の塩基と同じときにはM(a,b)=1であり、xのa番目の塩基がyijのb番目の塩基と異なるときにはM(a,b)=0であり、miは配列iの塩基数を表し、mi≧10であり、mjは配列jの塩基数を表し、mj≧10であり、myijは配列yijの塩基数を表し、myij≧20である。)得られたs(i,j)が最大となるように配列iおよび配列jの組合せを選択するジャンクション決定部と決定されたエキソンイントロンジャンクションの位置を出力する出力部とを含んでなる装置。
IPC (4)：
G06F 17/10 ,  C12M 1/00 ,  C12N 15/09 ,  G01N 33/50
FI (4)：
C12M 1/00 A ,  G01N 33/50 P ,  G06F 15/31 Z ,  C12N 15/00 A
F-Term (13)：
2G045AA35 ,  2G045DA13 ,  2G045JA01 ,  2G045JA07 ,  4B024AA19 ,  4B024AA20 ,  4B024CA04 ,  4B024CA20 ,  4B024HA19 ,  4B029AA27 ,  5B056AA00 ,  5B056BB01 ,  5B056HH00
Patent cited by the Patent：
Cited by examiner (1)

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