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J-GLOBAL ID：200903023304591230

遺伝子の類縁性検索方法および遺伝子の類縁性検索システム

Inventor： 渡邊 克二 ,  奥田 充
Applicant, Patent owner： 独立行政法人 農業技術研究機構 ,  渡邊 克二
Agent (1)： 志賀 正武 (外6名)
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2000215134
Publication number (International publication number)：2002032377
Application date： Jul. 14, 2000
Publication date： Jan. 31, 2002
Summary：

【要約】【課題】 制限酵素による切断片長の実測データを基に、効率的に既知の塩基配列との類縁性を解析するための塩基配列類縁性検索方法および塩基配列類縁性検索システムを提供する。【解決手段】 理論値計算部11は、制限酵素による切断位置を表す制限酵素データ21と既知の遺伝子の塩基配列を表す増幅後塩基配列データ22bとを基に、切断片の長さを表す切断長理論値データ23を生成する。切断長実測値データ25は、制限酵素で切断した試料を用いた電気泳動画像等に基づいた切断長を持っている。比較部13は、切断長理論値データ23および切断長実測値データ25を基に、非加重結合法等の方法により、切断長の分布の類似度を用いたクラスタ分析を行い、解析結果データ27を生成する。表示部15は、解析結果を樹形図等によって図形的に表示する。

Claim (excerpt)：

制限酵素の種別と当該制限酵素が切断する切断箇所の塩基配列パターンと当該塩基配列パターン内における切断位置とが関連付けられて保持されている制限酵素データと、既知遺伝子の種別と当該既知遺伝子の塩基配列とが関連付けられて保持されている塩基配列データとを基に、当該既知遺伝子を当該制限酵素で切断したときの切断長理論値を計算して、既知遺伝子の種別と制限酵素の種別と当該既知遺伝子を当該制限酵素で切断したときの切断長理論値とが関連付けられて保持された切断長理論値データとして出力する理論値計算部と、前記切断長理論値データと、制限酵素の種別と当該制限酵素を用いて試料を切断して測定した結果得られた切断長実測値とが関連付けられて保持されている切断長実測値データとを比較することにより、当該既知遺伝子と当該試料との類似度を算出して解析結果データとして出力する比較部とを備えることを特徴とする塩基配列類縁性検索システム。

IPC (4)：

G06F 17/30 170 ,  G06F 17/30 210 ,  G06F 17/30 350 ,  C12N 15/09 ZNA

FI (4)：

G06F 17/30 170 F ,  G06F 17/30 210 D ,  G06F 17/30 350 C ,  C12N 15/00 ZNA A

F-Term (13)：

4B024AA11 ,  4B024AA19 ,  4B024AA20 ,  4B024HA09 ,  4B024HA11 ,  4B024HA20 ,  5B075ND02 ,  5B075NR12 ,  5B075PQ02 ,  5B075PQ13 ,  5B075PR06 ,  5B075QM08 ,  5B075UU19

Patent cited by the Patent：

Cited by applicant (1)

• DNA解析法
  Gazette classification：公開公報   Application number：特願平9-074983   Applicant：株式会社日立製作所

Cited by examiner (1)

• DNA解析法
  Gazette classification：公開公報   Application number：特願平9-074983   Applicant：株式会社日立製作所