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J-GLOBAL ID：200903047987537134

遺伝子発現解析方法、遺伝子発現解析装置、および遺伝子発現解析プログラム

Inventor：
笠間 康次

About 笠間 康次

, 
安部 真澄

About 安部 真澄


Applicant, Patent owner：
独立行政法人放射線医学総合研究所

About 独立行政法人放射線医学総合研究所


Agent (2)： 磯野 道造 ,  多田 悦夫
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2008032466
Publication number (International publication number)：2009193273
Application date： Feb. 13, 2008
Publication date： Aug. 27, 2009
Summary：
【課題】参照プロファイルデータ(参照PD)と作成された測定プロファイルデータ(測定PD)の対比と遺伝子の発現状態の解析を容易に行う方法を提供する。【解決手段】DNA断片の塩基数相当値の位置と検出量に基づく塩基数相当値の参照範囲を第一の波形として表わし、その中の所定のピークが由来する転写産物種を同定して記憶した参照PDを取得する参照PD取得工程S1、測定対象物となるDNA断片の塩基数相当値の位置と検出量に基づいて得られる塩基数相当値の測定範囲を第二の波形として表した測定PDを作成する測定PD作成工程S2、第一の波形と第二の波形の少なくとも一方の一部又は全部のピークの位置を補正処理して対応付けるピーク対応付け工程S3、対応付けされたピークの由来に関する情報を転写産物種情報から読み取り、測定PDのピークの遺伝子を特定することで遺伝子の発現状態を解析する遺伝子発現解析工程S4を含む。【選択図】図1
Claim (excerpt)：
発現している複数の遺伝子転写産物に由来する複数のピークを一つの波形として表したプロファイルデータを用いて遺伝子の発現状態を解析する遺伝子発現解析方法であって、 複数の遺伝子転写産物を逆転写したcDNAの一部を増幅して得られるDNAフラグメントの塩基数相当値の位置と、その位置における前記遺伝子転写産物の転写量相当の検出量と、に基づいて得られる塩基数相当値の参照範囲を第一の波形として表わし、かつ前記遺伝子転写産物の転写産物種情報として、前記第一の波形中の所定のピークと、そのピークが由来する転写産物種と、を同定して記憶した参照プロファイルデータを予め取得しておく参照プロファイルデータ取得工程と、 複数の遺伝子転写産物を逆転写したcDNAの一部を増幅して得られる測定対象物となるDNAフラグメントの塩基数相当値の位置と、その位置における前記測定対象物の転写量相当の検出量と、に基づいて得られる塩基数相当値の測定範囲を第二の波形として表した測定プロファイルデータを作成する測定プロファイルデータ作成工程と、 前記第一の波形および前記第二の波形のうちの少なくとも一方の一部または全部の領域を補正しピークの位置を調整する補正処理を行い、前記第二の波形中の着目する領域を含む複数のピークと、前記第一の波形における複数のピークと、を対応付けることで、前記着目する領域を含む複数のピークと、当該複数のピークに相当する第一の波形中の複数のピークと、を対応付けるピーク対応付け工程と、 対応付けされた前記測定プロファイルデータのピークの由来する遺伝子転写産物の情報を前記転写産物種情報から読み取り、対応付けされた前記測定プロファイルデータのピークの由来する遺伝子を特定することで遺伝子の発現状態を解析する遺伝子発現解析工程と、 を含むことを特徴とする遺伝子発現解析方法。
IPC (1)：
G06F 19/00
FI (1)：
G06F19/00 600
Patent cited by the Patent：
Cited by applicant (1)
  • 国際公開第02/048352号パンフレット
Cited by examiner (4)
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Article cited by the Patent：
Cited by examiner (3)

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