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J-GLOBAL ID：200903049801485426
cDNA配列をゲノム配列にマッピングする方法
Inventor：
,
Applicant, Patent owner：
Agent (1)：
平木 祐輔
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2003423065
Publication number (International publication number)：2005176730
Application date： Dec. 19, 2003
Publication date： Jul. 07, 2005
Summary：
【課題】 cDNA配列を、ゲノム配列上に高速にマッピングする。【解決手段】 ゲノム配列を、互いに重ならない連続するK塩基の文字列(K-mer)に分割し、各K-merが出現するゲノム配列上の座標をテーブルに格納する。このテーブルを利用して、cDNA上のすべてのK-merとゲノム配列上のK-merで完全一致するものとを組にする。K-merの組のうち、偶然の一致でなく正しいマッピングに相当する組を、数列中の最長単調増加部分列を抽出する問題の効率的な解法を利用して高速に同定する。こうして得られたマッピングに相当するK-merの組を配列アラインメントによって塩基の対応へ拡張した後、スプライスサイトにおける補正を行う。さらに、最適なパラメータ選択を可能とするため、リアルタイム応答が可能な対話式インタフェースを提供する。【選択図】 図1
Claim (excerpt)：
cDNA配列の配列情報が入力されるステップと、
前記cDNA配列をK塩基長の部分配列に分けるステップと、
前記cDNA配列と比較すべきゲノム配列をK塩基長の部分配列に分けるステップと、
前記cDNA配列のK塩基長の部分配列と一致する、前記ゲノム配列のK塩基長のn個(n≧1)の部分配列の座標を対応させるステップと、
前記cDNA配列のK塩基長の部分配列の座標pを第1の要素とし、その部分配列と一致する前記ゲノム配列のK塩基長の部分配列の座標qを第2の要素とした組(p、q)の列を、p毎に、qが降順となるように形成するステップと、
前記第1の要素pが昇順となるように、前記列を連結するステップと、
前記連結された列から、前記第2の要素qが昇順になる部分列を抽出するステップと、
前記抽出された部分列について、前記cDNA配列のK塩基長の部分配列と前記ゲノム配列のK塩基長の部分配列との対応付を行うステップと、
前記K塩基を対応付けた情報を、cDNA配列とゲノム配列のアラインメントを行うことにより、個々の塩基の対応へ拡張するステップと、
前記個々の塩基の対応を出力するステップとを有することを特徴とするcDNA配列のマッピング方法。
IPC (3)：
C12N15/09
, C12Q1/68
, G06F17/30
C12N15/00 A
, C12Q1/68 Z
, G06F17/30 170F
4B024AA11
, 4B024AA20
, 4B024CA01
, 4B024CA04
, 4B024HA11
, 4B024HA20
, 4B063QA13
, 4B063QA20
, 4B063QQ43
, 4B063QQ53
, 4B063QS31
, 4B063QS39
, 5B075ND20
, 5B075UU19
