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J-GLOBAL ID：200903055685723012

質量分析法を用いたアミノ酸配列同定方法

Inventor：
金澤 光洋

About 金澤 光洋

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安養寺 久栄

About 安養寺 久栄

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荻原 淳

About 荻原 淳

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長嶋 雲兵

About 長嶋 雲兵


Applicant, Patent owner：
株式会社メディカル・プロテオスコープ

About 株式会社メディカル・プロテオスコープ


Agent (3)： 平木 祐輔 ,  石井 貞次 ,  藤田 節
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2004358487
Publication number (International publication number)：2006162556
Application date： Dec. 10, 2004
Publication date： Jun. 22, 2006
Summary：
【課題】計算処理の効率化を図り、精度の高いアミノ酸配列同定方法を提供する。【解決手段】 マススペクトルを入力する入力手段と、プレカーサーの質量より考えられるアミノ酸組合せを算出し、アミノ酸の理論質量値と、上記入力手段から入力したマススペクトルのうち特定のマススペクトルの質量電荷比から算出される実測質量値との差を算出し、算出した差のなかで所定の範囲内にあるものを同定し、同定した差を算出するのに使用したN個のアミノ酸をd+1〜d+N番目のアミノ酸の候補アミノ酸とする候補アミノ酸検索手段と、アミノ酸の組合せに従いながらアミノ酸同定候補を絞り込み、各候補アミノ酸に関してイオン強度より算出した正規化相対イオン強度とアミノ酸巻の切れやすさの確率を評価関数に用いてそれぞれ評価値を演算する評価値演算手段と、評価値を用いてペプチド断片におけるアミノ酸配列を同定する同定手段とを備えるアミノ酸配列同定装置。【選択図】 図2
Claim (excerpt)：
配列同定対象のペプチドを含む試料から得られる、質量電荷比とイオン強度からなるマススペクトルを入力する入力手段と、 アミノ酸の理論質量値をアミノ酸毎に記憶した記憶手段から、d番目(dは0以上の整数)までのペプチド断片のアミノ酸配列に基づいて推定質量値を算出し、算出した推定質量値にアミノ酸の理論質量値をそれぞれ加算して得られるd+N番目(Nは探索アミノ酸数であり、1以上の整数)までのペプチド断片の推定質量値をそれぞれ算出し、d+N番目までのペプチド断片の推定質量値と上記入力手段から入力したマススペクトルのうち特定のマススペクトルの質量電荷比から算出される実測質量値との差を算出し、算出した差のなかで所定の範囲内にあるものを同定し、同定した差を算出するのに使用したN個のアミノ酸をd+1〜d+N番目のアミノ酸の候補アミノ酸とする候補アミノ酸検索手段と、 候補アミノ酸検索手段で検索した各候補アミノ酸に関して、上記同定した差に対して、上記特定のマススペクトルのイオン強度が高い場合及びd番目のアミノ酸と当該候補アミノ酸との間が切れ易い場合を正に評価する評価関数を用いてそれぞれ評価値を演算する評価値演算手段と、 得られた評価値を用いて上記候補アミノ酸から1の候補アミノ酸を同定することで、上記ペプチドにおけるd+N番目までのペプチド断片におけるアミノ酸配列を同定する同定手段とを備える、アミノ酸配列同定装置。
IPC (2)：
G01N 27/62 ,  G01N 33/68
FI (3)：
G01N27/62 V ,  G01N27/62 D ,  G01N33/68
F-Term (18)：
2G041CA01 ,  2G041DA04 ,  2G041DA05 ,  2G041FA12 ,  2G041FA13 ,  2G041GA08 ,  2G041GA09 ,  2G041HA01 ,  2G041KA03 ,  2G041LA06 ,  2G041LA07 ,  2G041LA09 ,  2G041MA05 ,  2G045AA34 ,  2G045DA35 ,  2G045DA36 ,  2G045FA40 ,  2G045JA01
Patent cited by the Patent：
Cited by examiner (3)
Article cited by the Patent：
Cited by examiner (1)

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