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J-GLOBAL ID：200903065054563060

HLAタイピング法

Inventor：
四方 正光

About 四方 正光

, 
稲垣 知子

About 稲垣 知子


Applicant, Patent owner：
株式会社島津製作所

About 株式会社島津製作所


Agent (1)： 小林 良平
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2003340827
Publication number (International publication number)：2005102599
Application date： Sep. 30, 2003
Publication date： Apr. 21, 2005
Summary：
【課題】 人手を介すること無く正確且つ迅速なHLAの型決定を行うことができる、HLAタイピング法を提供する。 【解決手段】 既知のHLAの塩基配列データを基に、予測される全対立遺伝子の組み合わせを記載したデータベースを作成し、シーケンスによって決定した検体の塩基配列と、上記のデータベース上の配列の一致する領域を一塩基ずつ比較して、不一致の数が最も少ない組み合わせ配列をその遺伝子座のHLA型として決定する。上記データベース作成の際には、塩基未決定の領域があっても削除することなく配列データの掛け合わせを行う。また、シーケンスにより確定された各塩基に、シーケンス確度を示す値を付与しておくことで、タイピング結果の信頼度を客観的に評価することができる。更にタイピングの結果複数の候補があった場合、コンピュータプログラムにより、自動的にアリル頻度に基づく絞り込みを行う。 【選択図】 図5
Claim (excerpt)：
HLAクラスI及びクラスIIに属する各遺伝子座の少なくとも一つの遺伝子座について、その塩基配列情報に基づいてHLA型を判定する方法において、 a)既知のHLAの塩基配列データを基に予め予測される全対立遺伝子の組み合わせを記載したデータベースを作成するデータベース作成ステップと、 b)検体の該当遺伝子座の少なくとも一部の塩基配列をシーケンスによって決定する塩基配列決定ステップと、 c)その塩基配列をデータベース中の個々の配列に一致する部分について1塩基ずつ比較を行い、不一致の数が少ない対立遺伝子の組み合わせを検体の遺伝子型の候補として抽出する配列検索ステップと、 d)不一致の数が最も少ない対立遺伝子の組み合わせをその遺伝子座のHLA型として決定する型判定ステップと、 を有することを特徴とするHLAタイピング法。
IPC (4)：
C12Q1/68 ,  C12N15/09 ,  G06F17/30 ,  G06F19/00
FI (4)：
C12Q1/68 A ,  G06F17/30 170F ,  G06F19/00 600 ,  C12N15/00 A
F-Term (32)：
4B024AA11 ,  4B024CA04 ,  4B024CA05 ,  4B024CA06 ,  4B024CA09 ,  4B024CA11 ,  4B024GA18 ,  4B024HA08 ,  4B024HA12 ,  4B024HA14 ,  4B024HA19 ,  4B063QA01 ,  4B063QA13 ,  4B063QA18 ,  4B063QQ03 ,  4B063QQ43 ,  4B063QR08 ,  4B063QR32 ,  4B063QR41 ,  4B063QR42 ,  4B063QR55 ,  4B063QR62 ,  4B063QR82 ,  4B063QS10 ,  4B063QS12 ,  4B063QS16 ,  4B063QS25 ,  4B063QS34 ,  4B063QS36 ,  4B063QX01 ,  5B075ND03 ,  5B075UU19
Patent cited by the Patent：
Cited by applicant (1) Cited by examiner (6)
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Article cited by the Patent：
Cited by examiner (5)
  • Proc Annu Int Conf IEEE Eng Med Biol Soc., 23rd, 4 (2001) p.3743-3745
  • 臨床病理レビュー, 122 (2002) p.157-166
  • Eur J Biochem., 150 (1985) p.1-5
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