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J-GLOBAL ID：200903068083546823

微生物の検出方法、及び微生物の検出用プライマーセット

Inventor：
江崎 孝行

About 江崎 孝行


Applicant, Patent owner：
株式会社ラカン

About 株式会社ラカン

, 
岐阜大学長

About 岐阜大学長


Agent (1)： 前田 勘次
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2001365153
Publication number (International publication number)：2003164282
Application date： Nov. 29, 2001
Publication date： Jun. 10, 2003
Summary：
【要約】【課題】 複数種類の下痢症状及び食中毒の原因菌となる微生物を検出対象として、微生物の遺伝子を共通の条件で増幅させて検出することができる微生物の検出方法、及びその方法に用いられるプライマーセットを提供する。【解決手段】 PCR法の増幅反応における温度サイクル条件を予め一定条件に設定するとともに、設定された温度サイクル条件下で、標的とされる遺伝子領域が増幅されるように設計されたプライマーセットを、検出対象とする複数種類の微生物のそれぞれについて準備する工程と、検出対象とされる少なくとも1種類の微生物を含むと思われる試料につき、準備された複数種類のプライマーセットをそれぞれに用いて、設定された共通の温度サイクル条件下で増幅反応を行う工程とを備える。また、高感度の検出を目的とする場合には、ネステッドPCR法を用いる。
Claim (excerpt)：
所定の分類範囲において特異的かつ普遍的な塩基配列を持つ微生物の遺伝子を標的とするプライマーを用いて、前記分類範囲に属する前記微生物の前記遺伝子をPCR(ポリメラーゼ連鎖反応)法の増幅反応における温度サイクル条件を予め一定条件に設定するとともに、その設定条件下で、標的とされる前記遺伝子が増幅されるように設計されたプライマーセットを、検出対象とする複数種類の前記微生物のそれぞれについて調整する工程と、検出対象とされる前記微生物のうち少なくとも一つを含む試料について、調整された前記プライマーセットをそれぞれ用いて、設定された前記温度サイクル条件に基づいて増幅反応を行なう工程とを備え、下記の(A)〜(HH)からなるイ群、及び(a)〜(hh)からなるロ群より選択される複数種類の前記プライマーセットを用いた微生物の検出方法。イ群:(A)エロモナス・ヒドロフィラ(Aeromonas hydrophila)を検出するための配列番号1及び配列番号2に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(B)エロモナス(Aeromonas)属を検出するための配列番号3及び配列番号4に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(C)バシラス・セレウス(Bacillus cereus group)群を検出するための配列番号5及び配列番号6に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(D)バクテロイデス・フラジリス(Bacteroides fragilis)を検出するための配列番号7及び配列番号8に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(E)カンピロバクター・ジェジュニ(Campylobacter jejuni)を検出するための配列番号9及び配列番号10に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(F)カンピロバクター・ジェジュニ/コリ(Campylobacter jejuni/coli)を検出するための配列番号11及び配列番号12に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(G)カンピロバクター(Campylobacter)属を検出するための配列番号13及び配列番号14に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(H)クロストリジウム・ボツリナム(Clostridium botulinum)を検出するための配列番号15乃至配列番号34に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(I)クロストリジウム・ブチリカム(Clostridium butyricum)を検出するための配列番号35及び配列番号36に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(J)クロストリジウム・ディフィシレ(Clostridium difficile)を検出するための配列番号37乃至配列番号42に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(K)クロストリジウム・パーフリンジェンス(Clostridium perfringens)を検出するための配列番号43乃至配列番号46に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(L)クリプトスポリジウム・パルブム(Cryptosporidium parvum)を検出するための配列番号47及び配列番号48に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(M)エントアメーバ・ヒストリティカ(Entamoeba histolytica)を検出するための配列番号49及び配列番号50に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(N)腸管凝集付着性大腸菌(Escherichia coli(EaggEC))を検出するための配列番号51乃至配列番号54に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(O)腸管組織侵入性大腸菌(Escherichia coli(EIEC))を検出するための配列番号55及び配列番号56に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(P)腸管出血性大腸菌(Escherichia coli(EHEC))を検出するための配列番号57乃至配列番号60に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(Q)毒素原性大腸菌(Escherichia coli(ETEC))を検出するための配列番号61乃至配列番号66に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(R)大腸菌(Escherichia coli)の病原因子の一つであるインティミン(intimin(接着因子))産生遺伝子(eaeA)を検出するための配列番号67及び配列番号68に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(S)ギアルディア・ランブリア(Giardia lamblia)を検出するための配列番号69及び配列番号70に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(T)リステリア・モノサイトゲネス(Listeria monocytogenes)を検出するための配列番号71乃至配列番号74に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(U)プレジオモナス・シゲロイデス(Plesiomonas shigelloides)を検出するための配列番号75及び配列番号76に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(V)サルモネラ(Salmonella)属を検出するための配列番号77乃至配列番号80に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(W)サルモネラ・タイフィ(Salmonella typhi)を検出するための配列番号81及び配列番号82に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(X)シゲラ・フレクスネリ(Shigella flexneri)を検出するための配列番号83及び配列番号84に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(Y)スタフィロコッカス・アウレウス(Staphylococcus aureus)を検出するための配列番号85乃至配列番号94に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(Z)トロフェリマ・ウィッペリ(Tropheryma whippelii(Whipple Disease))を検出するための配列番号95乃至配列番号98に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(AA)ビブリオ・コレラ(Vibrio cholerae)を検出するための配列番号99及び配列番号100に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(BB)ビブリオ・コレラ/ミミカス(Vibrio cholerae/mimicus)を検出するための配列番号101及び配列番号102に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(CC)ビブリオ・フルビアリス(Vibrio fluvialis)を検出するための配列番号103及び配列番号104に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(DD)ビブリオ・パラヘモリティカス(Vibrio parahaemolyticus group)群を検出するための配列番号105及び配列番号106に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(EE)ビブリオ・パラヘモリティカス(Vibrio parahaemolyticus)を検出するための配列番号107及び配列番号108に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(FF)ビブリオ(Vibrio)属を検出するための配列番号109及び配列番号110に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(GG)エルシニア・エンテロコリティカ(Yersinia enterocolitica)を検出するための配列番号111及び配列番号112に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(HH)エルシニア・エンテロコリティカ(Yersinia enterocolitica group)群を検出するための配列番号113及び配列番号114に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット。ロ群:(a)エロモナス・ヒドロフィラを検出するための配列番号115及び配列番号116に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(b)エロモナス属を検出するための配列番号117及び配列番号118に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(c)バシラス・セレウスを検出するための配列番号119及び配列番号120に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(d)バクテロイデス・フラジリスを検出するための配列番号121及び配列番号122に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(e)カンピロバクター・ジェジュニを検出するための配列番号123及び配列番号124に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(f)カンピロバクター・ジェジュニ/コリを検出するための配列番号125及び配列番号126に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(g)カンピロバクター属を検出するための配列番号127及び配列番号128に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(h)クロストリジウム・ボツリナムを検出するための配列番号129乃至配列番号148に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(i)クロストリジウム・ブチリカムを検出するための配列番号149及び配列番号150に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(j)クロストリジウム・ディフィシレを検出するための配列番号151乃至配列番号156に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(k)クロストリジウム・パーフリンジェンスを検出するための配列番号157乃至配列番号160に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(l)クリプトスポリジウム・パルブムを検出するための配列番号161及び配列番号162に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(m)エントアメーバ・ヒストリティカを検出するための配列番号163及び配列番号164に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(n)腸管凝集付着性大腸菌を検出するための配列番号165乃至配列番号168に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(o)腸管組織侵入性大腸菌を検出するための配列番号169及び配列番号170に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(p)腸管出血性大腸菌を検出するための配列番号171乃至配列番号174に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(q)毒素原性大腸菌を検出するための配列番号175乃至配列番号180に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(r)大腸菌の病原因子の一つであるインティミン産生遺伝子を検出するための配列番号181及び配列番号182に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(s)ギアルディア・ランブリアを検出するための配列番号183及び配列番号184に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(t)リステリア・モノサイトゲネスを検出するための配列番号185乃至配列番号188に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(u)プレジオモナス・シゲロイデスを検出するための配列番号189及び配列番号190に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(v)サルモネラ属を検出するための配列番号191乃至配列番号194に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(w)サルモネラ・タイフィを検出するための配列番号195及び配列番号196に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(x)シゲラ・フレクスネリを検出するための配列番号197及び配列番号198に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(y)スタフィロコッカス・アウレウスを検出するための配列番号199乃至配列番号208に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(z)トロフェリマ・ウィッペリを検出するための配列番号209乃至配列番号212に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(aa)ビブリオ・コレラを検出するための配列番号213及び配列番号214に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(bb)ビブリオ・コレラ/ミミカスを検出するための配列番号215及び配列番号216に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(cc)ビブリオ・フルビアリスを検出するための配列番号217及び配列番号218に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(dd)ビブリオ・パラヘモリティカスを検出するための配列番号219及び配列番号220に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(ee)ビブリオ・パラヘモリティカス群を検出するための配列番号221及び配列番号222に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(ff)ビブリオ属を検出するための配列番号223及び配列番号224に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(gg)エルシニア・エンテロコリティカを検出するための配列番号225及び配列番号226に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット、(hh)エルシニア・エンテロコリティカ群を検出するための配列番号227及び配列番号228に示す塩基配列をそれぞれに持つプライマーセット。
IPC (5)：
C12N 15/09 ZNA ,  C12Q 1/68 ,  G01N 33/53 ,  G01N 33/566 ,  G01N 33/569
FI (5)：
C12Q 1/68 A ,  G01N 33/53 M ,  G01N 33/566 ,  G01N 33/569 F ,  C12N 15/00 ZNA A
F-Term (17)：
4B024AA11 ,  4B024CA09 ,  4B024HA12 ,  4B024HA19 ,  4B024HA20 ,  4B063QA01 ,  4B063QA18 ,  4B063QA19 ,  4B063QQ03 ,  4B063QQ05 ,  4B063QR08 ,  4B063QR32 ,  4B063QR42 ,  4B063QR62 ,  4B063QS25 ,  4B063QS34 ,  4B063QX01
Article cited by the Patent：
Cited by examiner (6)
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