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J-GLOBAL ID：200903076075323346
DNAアレイ向けプローブ配列決定システム
Inventor：
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Applicant, Patent owner：
Agent (1)：
作田 康夫
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2002111490
Publication number (International publication number)：2003052385
Application date： Apr. 15, 2002
Publication date： Feb. 25, 2003
Summary：
【要約】【課題】DNAアレイ用プローブ配列として、測定感度、再現性を保証するためには、クロスハイブリダイゼーションがなく、均等化したTmを有し、二次構造をとることが少ないプローブ配列を実現する必要がある。【解決手段】ゲノムもしくはcDNA配列の部分配列からなるDNAプローブアレイ向けプローブ候補リストを作成する工程(リストアップ工程)と、前記プローブ候補リストのうち、融解温度が予め定められた範囲を逸脱する、もしくは二次構造の安定性が高い、もしくはクロスハイブリダイゼーションの可能性がある候補を除外する工程(フィルタリング工程)の、少なくとも2つの工程を経ることでDNAアレイ向けプローブ配列を決定する。【効果】DNAプローブアレイ上に固定化するプローブDNAの配列設計方法を提供する。
Claim (excerpt)：
ゲノム又はcDNA配列のデータベースからプローブ候補の部分配列を選択する手段と、前記選択されたプローブ候補の部分配列の中から、モチーフ部位及び反復配列部位を含む部分配列を除外するマスキング処理手段と、前記マスキング処理の結果を、第1のプローブ候補リストとして作成する手段と、前記第1のプローブ候補リストの中から、所定のプローブ候補を除外するフィルタリング手段と、前記フィルタリング処理の結果を、第2のプローブ候補リストとして作成する手段からなることを特徴とするプローブ配列決定システム。
IPC (4)：
C12N 15/09 ZNA
, C12N 15/09
, C12Q 1/68
, G01N 33/48
C12Q 1/68 A
, G01N 33/48 Z
, C12N 15/00 ZNA A
, C12N 15/00 F
2G045AA35
, 2G045DA12
, 2G045DA13
, 2G045JA01
, 4B024AA11
, 4B024AA20
, 4B024CA04
, 4B024CA09
, 4B024HA12
, 4B063QA13
, 4B063QQ42
, 4B063QR32
, 4B063QR55
