塩基配列の分類システムおよびオリゴヌクレオチド出現頻度の解析システム

Inventor： , , , , ,
Applicant, Patent owner：
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2003328845
Publication number (International publication number)：2005092786
Application date： Sep. 19, 2003
Publication date： Apr. 07, 2005
Summary：

【課題】分類能力の目立った減少なしに短時間で自己組織化マップ(SOM)を作成可能な塩基配列の分類システム、各生物学的分類における個々のオリゴヌクレオチドの出現頻度の把握や、DNA塩基配列中のシグナル配列が多く存在する位置の予測を可能とするオリゴヌクレオチド出現頻度解析システムを提供する。【解決手段】オリゴヌクレオチド出現頻度解析システムは、相補的な対をなすオリゴヌクレオチドの出現頻度を加算することにより、各対ごとのオリゴヌクレオチドの出現頻度を算出する相補データ加算部1と、各対ごとの出現頻度に基づいてSOMを作成するSOM作成部と、オリゴヌクレオチドの出現頻度に関する情報を各格子点ごとに表した出現頻度マップを作成する出現頻度マップ作成部6と、DNA配列上における個々のオリゴヌクレオチドの出現頻度の分布を示す出現頻度分布図を作成する出現頻度分布図作成部7とを備える。【選択図】図1

Claim (excerpt)：

塩基配列中において複数種類のオリゴヌクレオチドがそれぞれ出現する出現頻度を入力ベクトル群として多次元空間上に配置し、これら入力ベクトル群を複数の格子点が配置されたマップ上へ非線形に写像して上記塩基配列を各格子点に分類する自己組織化により、自己組織化マップを作成する塩基配列の分類システムであって、相補的な対をなすオリゴヌクレオチドの出現頻度を加算することにより、各対ごとのオリゴヌクレオチドの出現頻度を算出する加算部と、各対ごとのオリゴヌクレオチドの出現頻度に基づいて上記自己組織化マップを作成する自己組織化マップ作成部とを備えることを特徴とする塩基配列の分類システム。

IPC (4)：

G06F19/00 , C12N15/09 , C12Q1/68 , G06N3/00

FI (4)：

G06F19/00 600 , C12Q1/68 Z , G06N3/00 560A , C12N15/00 A

F-Term (10)：

4B024AA11 , 4B024AA20 , 4B024CA01 , 4B024CA11 , 4B024HA19 , 4B063QA13 , 4B063QA18 , 4B063QQ42 , 4B063QQ52 , 4B063QS39

Patent cited by the Patent：

Cited by applicant (3)

多変量で記述された大量情報を高精度に分類する方法およびシステム
Gazette classification：再公表公報 Application number：JP2000008666 Applicant：協和醗酵工業株式会社
DNA塩基配列上のタンパク質コード領域検出方法
Gazette classification：公開公報 Application number：特願平8-179521 Applicant：株式会社日立製作所
DNA塩基配列比較方法
Gazette classification：公開公報 Application number：特願平10-053102 Applicant：株式会社日立製作所

Cited by examiner (2)

DNA塩基配列上のタンパク質コード領域検出方法
Gazette classification：公開公報 Application number：特願平8-179521 Applicant：株式会社日立製作所
DNA塩基配列比較方法
Gazette classification：公開公報 Application number：特願平10-053102 Applicant：株式会社日立製作所

Article cited by the Patent：

Cited by applicant (3)

Cited by examiner (3)

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