質量分析データ解析装置

Inventor： , , , , , , , , ,
Applicant, Patent owner：
Agent (1)：小林良平
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2008200332
Publication number (International publication number)：2010038664
Application date： Aug. 04, 2008
Publication date： Feb. 18, 2010
Summary：

【課題】DB検索によるペプチド・タンパク質同定において、検索時間や擬陽性の発生の増加を抑えつつ同定の見逃しをなくし信頼性を高める。【解決手段】全ての修飾・変異に関する情報をリスト化して予め修飾・変異DB24に登録しておき、検索条件入力部28によりDB検索条件の1項目である非確定的修飾・変異を指定可能とする。非確定的修飾・変異の指定可能数の制約をなくす一方、2以上の非確定的修飾・変異の同時発生を考慮せず、配列同定処理部23は、指定された非確定的修飾・変異を1つずつ選択しながら他の検索条件と組み合わせてDB検索を実行する。これにより、全てのタンパク質に対し修飾や変異を網羅的に検索できるので、従来より同定見逃しが大幅に減る。一方、起こる可能性が低い2以上の非確定的修飾・変異の同時発生を考慮しないので、その分、検索回数の増大を抑えて同定所要時間を抑制できるとともに、擬陽性による誤った同定も抑えることができる。【選択図】図1

Claim (excerpt)：

MSn分析(n≧2)可能な質量分析計により収集されたスペクトルデータに基づいて被検試料中のペプチド・タンパク質を同定するためにデータベース検索を行う質量分析データ解析装置において、 a)スペクトルデータに基づいて被検試料に由来するピークのピーク情報を集めたピークリストを作成するピークリスト作成手段と、 b)アミノ酸配列に起こり得る修飾・変異に関する条件を任意の数だけユーザが指定するための第1条件指定手段と、 c)該第1条件指定手段により指定される条件以外のデーベース検索のための検索条件をユーザが指定するための第2条件設定手段と、 d)前記第1条件指定手段により指定された条件を順次1つずつ選択しつつ選択した条件と前記第2条件指定手段により指定された検索条件とを組み合わせた条件の下で、それぞれ前記ピークリスト作成手段により作成されたピークリストをデータベースと照合することによりペプチド・タンパク質の候補を抽出する、という処理を、前記第1条件指定手段により指定された条件の全てが終了するまで又は所定の終了条件が満たされるまで繰り返すデータベース検索実行手段と、 e)前記データベース検索実行手段により抽出された各ペプチド・タンパク質の候補の確度に基づいた情報を出力する出力手段と、を備えることを特徴とする質量分析データ解析装置。

IPC (1)：

G01N 27/62

FI (1)：

G01N27/62 D

F-Term (15)：

2G041CA01 , 2G041DA04 , 2G041DA05 , 2G041EA04 , 2G041FA12 , 2G041GA03 , 2G041GA07 , 2G041GA08 , 2G041GA09 , 2G041GA10 , 2G041HA01 , 2G041JA02 , 2G041JA07 , 2G041KA01 , 2G041LA07

Patent cited by the Patent：

Cited by applicant (6)

ゲルフリー定性及び定量的プロテオーム分析のための方法及び装置、ならびにその使用
Gazette classification：公表公報 Application number：特願2002-576274 Applicant：フラームス・インテルウニフェルシタイル・インステイチュート・フォール・ビオテヒノロヒー・ヴェーゼットウェー
質量分析システム
Gazette classification：公開公報 Application number：特願2006-214828 Applicant：株式会社日立ハイテクノロジーズ
質量分析のための脂質修飾ペプチドの抽出方法
Gazette classification：公開公報 Application number：特願2006-136803 Applicant：国立大学法人東京大学, 株式会社島津製作所

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Cited by examiner (6)

ゲルフリー定性及び定量的プロテオーム分析のための方法及び装置、ならびにその使用
Gazette classification：公表公報 Application number：特願2002-576274 Applicant：フラームス・インテルウニフェルシタイル・インステイチュート・フォール・ビオテヒノロヒー・ヴェーゼットウェー
質量分析システム
Gazette classification：公開公報 Application number：特願2006-214828 Applicant：株式会社日立ハイテクノロジーズ
質量分析のための脂質修飾ペプチドの抽出方法
Gazette classification：公開公報 Application number：特願2006-136803 Applicant：国立大学法人東京大学, 株式会社島津製作所

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