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J-GLOBAL ID：201101020872525634   Update date: Nov. 05, 2024

WAKAMOTO Yuichi

ワカモト ユウイチ | WAKAMOTO Yuichi
Affiliation and department：
The University of Tokyo Graduate School of Arts and Sciences

About The University of Tokyo Graduate School of Arts and Sciences


Job title： Professor
Homepage URL  (2)： http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/wakamoto-lab/index_j.html ,  http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/wakamoto-lab/index_e.html
Research field  (1)： Bio-, chemical, and soft-matter physics
Research keywords  (19)： Cancer ,  パーシスタンス ,  適応 ,  細胞分裂 ,  進化 ,  細胞系統樹 ,  成長 ,  微生物学 ,  ES細胞 ,  1細胞計測 ,  分化 ,  発現制御 ,  生物物理 ,  マイクロ・ナノデバイス ,  モデル化 ,  応答特性 ,  一細胞培養 ,  微細加工 ,  表現型ゆらぎ
Research theme for competitive and other funds  (18)：
  • 2024 - 2028 適応的耐性を実現する表現型可塑性と適応進化
  • 2019 - 2025 ライブセルオミクスと細胞系譜解析によるパーシスタンスの理解と制御
  • 2019 - 2025 微細流路培養による生体外での共生進化大腸菌解析
  • 2019 - 2022 Quantitative understanding of self-replication of cells
  • 2017 - 2022 Quantitative Analysis of fluctuation-response relationship in experimental evolution of E. coli
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Papers (40)：
  • Ken-ichiro F. Kamei, Reiko Okura, Koseki J. Kobayashi-Kirschvink, Yuki Katayama, Yuichi Wakamoto. Raman spectra identify heterogeneous vancomycin resistance and transcriptomes of Staphylococcus aureus. bioRxiv. 2024
  • Ken-ichiro F. Kamei, Koseki J. Kobayashi-Kirschvink, Takashi Nozoe, Hidenori Nakaoka, Miki Umetani, Yuichi Wakamoto. Revealing global stoichiometry conservation architecture in cells from Raman spectral patterns. bioRxiv. 2023
  • Yuta Koganezawa, Yuichi Wakamoto, Moritoshi Sato, Miki Umetani. Detecting Photoactivatable Cre-mediated Gene Deletion Efficiency in Escherichia coli. BIO-PROTOCOL. 2023. 13. 11
  • Shunpei Yamauchi, Takashi Nozoe, Reiko Okura, Edo Kussell, Yuichi Wakamoto. A unified framework for measuring selection on cellular lineages and traits. eLife. 2022. 11
  • Ryuichi Koga, Minoru Moriyama, Naoko Onodera-Tanifuji, Yoshiko Ishii, Hiroki Takai, Masaki Mizutani, Kohei Oguchi, Reiko Okura, Shingo Suzuki, Yasuhiro Gotoh, et al. Single mutation makes Escherichia coli an insect mutualist. Nature Microbiology. 2022. 7. 8. 1141-1150
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MISC (28)：
  • 北井朝子, 若本祐一, 若本祐一, 若本祐一, 梅谷実樹, 梅谷実樹, 梅谷実樹. Effect of expression induction and protein degradation tags on gene expression noise. 日本細菌学雑誌(Web). 2023. 78. 1
  • 亀井健一郎, 小林鉱石, 野添嵩, 中岡秀憲, 若本祐一. Raman-omics correspondence reveals stoichiometric balance constraints on omics changes. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2022. 45th
  • 梅谷実樹, 梅谷実樹, 梅谷実樹, 橋本幹弘, 大倉玲子, 古澤力, 古澤力, 若本祐一, 若本祐一, 若本祐一. Non-genetic enhancement of resistance in Escherichia coli exposed to sublethal antibiotic stress. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2022. 45th
  • UMETANI Miki, KOGANEZAWA Yuta, SATO Moritoshi, WAKAMOTO Yuichi. Adaptation to genetic modification in Escherichia coli. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2021. 44th
  • 若本祐一. ラマン分光を用いた細胞内の遺伝子発現の推定. 実験医学増刊「機械学習を生命科学に使う!」. 2020. 38. 20. 3376-3383
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Patents (4)：
Books (2)：
  • 定量生物学 : 生命現象を定量的に理解するために. (小林徹也編)
    化学同人 2018 ISBN:9784759817300
  • Controlling Cell Migration with Micropatterns. In: Innovations in Biotechnology
    InTech 2012 ISBN:9789535100966
Education (3)：
  • 2003 - 2006 The University of Tokyo Graduate School of Arts and Sciences
  • 2001 - 2003 The University of Tokyo Graduate School of Arts and Sciences
  • 1997 - 2001 The University of Tokyo College of Arts and Sciences Department of Basic Science
Professional career (1)：
  • Ph.D. (University of Tokyo)
Work history (5)：
  • 2022/04 - 現在 東京大学 大学院総合文化研究科 広域科学専攻 相関基礎科学系 教授
  • 2008/04 - 2022/03 東京大学 大学院総合文化研究科 広域科学専攻 相関基礎科学系 准教授
  • 2009/10 - 2013/03 科学技術振興機構さきがけ 研究員(兼任)
  • 2007/07 - 2008/03 スイス連邦工科大学ローザンヌ校 博士研究員
  • 2006/04 - 2007/06 ロックフェラー大学 博士研究員
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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