インシリコスクリーニング装置、および、インシリコスクリーニング方法

Inventor： , , , , ,
Applicant, Patent owner：
Agent (1)：酒井宏明
Gazette classification：特許公報
Application number (International application number)：2009521050
Patent number：4564097
Application date： Nov. 12, 2008
Claim (excerpt)：

【請求項1】標的タンパク質に結合する候補化合物のスクリーニングを行う、記憶部と制御部を少なくとも備えたインシリコスクリーニング装置であって、上記記憶部は、化合物中の複数個の原子に係る化合物指紋として、原子タイプと原子間結合規則とを含む化学記述子を、上記候補化合物ごとに抽出して作成された化合物データベースと、上記標的タンパク質の立体構造情報、および、当該標的タンパク質と立体構造が同一または類似するファミリータンパク質に結合することが既知の結合化合物について上記ファミリータンパク質と上記結合化合物との複合体の立体構造情報、を記憶するタンパク質データベースと、を備え、上記制御部は、上記タンパク質データベースに記憶された上記標的タンパク質および上記複合体の上記立体構造情報に基づいて、当該複合体の上記ファミリータンパク質と当該標的タンパク質との構造重ね合わせを行い、当該ファミリータンパク質の座標系を当該標的タンパク質の座標系に変換することにより、当該ファミリータンパク質に結合する上記結合化合物について、当該標的タンパク質の上記座標系に変換した三次元座標および上記化合物指紋を抽出して結合化合物指紋セットを作成する化合物指紋作成手段と、上記結合化合物指紋セットの上記三次元座標を基底として座標固定し、当該結合化合物指紋セットの上記結合化合物と上記化合物データベースに記憶された上記候補化合物との間の上記化合物指紋単位のアライメント度および二乗平均偏差、ならびに、当該候補化合物の上記標的タンパク質に対する立体構造を変数とする関数により算出される相互作用スコアが最適化されるように、当該候補化合物の当該標的タンパク質に対する上記立体構造、および、当該候補化合物と上記結合化合物指紋セットとの間の上記化合物指紋の組み合わせ、を繰り返し変化させる最適化手段と、を備えたことを特徴とするインシリコスクリーニング装置。

IPC (5)：

C40B 30/02 ( 200 6.01) , G06F 19/00 ( 200 6.01) , G01N 33/15 ( 200 6.01) , G01N 33/50 ( 200 6.01) , G01N 37/00 ( 200 6.01)

FI (5)：

C40B 30/02 ZTD , G06F 19/00 616 , G01N 33/15 ZNA Z , G01N 33/50 Z , G01N 37/00 102

Patent cited by the Patent：

Cited by examiner (1)

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Gazette classification：公表公報 Application number：特願2000-578631 Applicant：グラクソグループリミテッド

Article cited by the Patent：

Cited by examiner (4)

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