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J-GLOBAL ID：201202288118860684   Reference number：12A0869370

Calculating the Na⁺ translocating V-ATPase catalytic site affinity for substrate binding by homology modeled NtpA monomer using molecular dynamics/free energy calculation

Na⁺転移性V-ATPアーゼの触媒サイト親和性の基質結合のNtpAホモロジモデルを用いる分子動力学シミュレーション/自由エネルギー計算による検討

Author (6)： MUHAMMED Zahed (Dep. of Biological Sci. and Technol., Tokyo Univ. of Sci., 2641 Yamazaki, Noda-shi, Chiba 278-8510, JPN) ,  ARAI Satoshi (Dep. of Biological Sci. and Technol., Tokyo Univ. of Sci., 2641 Yamazaki, Noda-shi, Chiba 278-8510, JPN) ,  SAIJO Shinya (Dep. of Biological Sci. and Technol., Tokyo Univ. of Sci., 2641 Yamazaki, Noda-shi, Chiba 278-8510, JPN) ,  YAMATO Ichiro (Dep. of Biological Sci. and Technol., Tokyo Univ. of Sci., 2641 Yamazaki, Noda-shi, Chiba 278-8510, JPN) ,  MURATA Takeshi (Dep. of Chemistry, Graduate School of Sci., Chiba Univ., 1-33Yayoi-cho, Inage, Chiba 263-8522, JPN) ,  SUENAGA Atsushi (Computational Biology Res. Center (CBRC), National Inst. of Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), 2-4-7 Aomi ...)
Material： Journal of Molecular Graphics & Modelling  (J Mol Graph Model)
Volume： 37  Page： 59-66  Publication year： Jul. 2012 
JST Material Number： B0044D  ISSN： 1093-3263  Document type： Article
Article type： 原著論文  Country of issue： United States (USA)  Language： ENGLISH (EN)

Thesaurus term： *ATPase ,  active site ,  *molecular model ,  *molecular structure ,  *binding site ,  affinity ,  computer simulation ,  free energy ,  *docking ,  molecular recognition ,  substrate specificity ,  complex formation ,  molecular compound ,  intramolecular dynamics
Semi thesaurus term： molecular mechanics ,  *homology model ,  substrate binding site ,  Molecular Dynamics Simulation

JST classification (3)： Enzyme in general  (EB09010D) ,  Molecular compounds  (CE02000C) ,  Molecular and genetic information processing  (JE15040B)

Terms in the title (8)： 転移性 ,  V-ATPアーゼ ,  触媒 ,  親和性 ,  基質 ,  ホモロジモデル ,  分子動力学シミュレーション ,  自由エネルギー計算