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J-GLOBAL ID：201203099398404774

ミスフォールドタンパク質エピトープを予測するための方法およびシステム

Inventor： キャッシュマン, ニール アール. ,  プロットキン, スティーブン エス. ,  ゲスト, ウィリアム シー.
Applicant, Patent owner： ザ ユニヴァーシティ オブ ブリティッシュ コロンビア
Agent (3)： 山本 秀策 ,  安村 高明 ,  森下 夏樹
Gazette classification：公表公報
Application number (International application number)：2011529431
Publication number (International publication number)：2012504801
Application date： Oct. 06, 2009
Publication date： Feb. 23, 2012
Summary：

タンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを同定する方法およびシステムが提供される。前記タンパク質の構造を表わすモデルから、1または複数のアミノ酸残基のセットが選択され;各セットのアンフォールディングの自由エネルギーが決定され;アンフォールディングの全確率が最小の確率を上回るか、またはアンフォールディングの自由エネルギーが最小のエネルギーを下回るセットからエピトープが同定される。他の態様において、本発明は、疾患を診断および治療し、また、エピトープ予測法により同定されるエピトープの存在について試料をスクリーニングするための、このようなエピトープおよび関連抗体の使用を提供する。

Claim (excerpt)：

対象とするタンパク質のミスフォールド形態に固有のエピトープを同定するシステムを動作する方法であって、前記システムは、入力ユニット、候補選択ユニット、自由エネルギー計算ユニット、およびエピトープ同定ユニットを含み、前記方法は: (a)前記入力ユニットにより、前記対象とするタンパク質の構造の少なくとも一部を表わすモデルを受け取るステップと; (b)前記候補選択ユニットにより、前記モデルから、1または複数のセットを選択するステップであって、各セットは1または複数のアミノ酸残基を含む、ステップと; (c)前記自由エネルギー計算ユニットにより、各セットのアンフォールディングの自由エネルギーを決定するステップと; (d)前記エピトープ同定ユニットにより、前記エピトープを (i)孤立した前記セットの1または複数のアンフォールディングの自由エネルギーに基づき各セットのアンフォールディングの全確率を決定し、アンフォールディングの全確率が最小の確率を上回るセットから前記エピトープを同定すること;または (ii)アンフォールディングの自由エネルギーが最小のエネルギーを下回るセットから前記エピトープを同定すること によって同定するステップと を含む、方法。

IPC (15)：

G06F 19/16 ,  C12P 21/08 ,  C07K 16/00 ,  C07K 14/47 ,  A61K 39/395 ,  A61P 31/00 ,  A61P 13/12 ,  A61P 25/00 ,  A61P 35/02 ,  A61P 35/04 ,  A61P 35/00 ,  A61P 43/00 ,  A61P 15/00 ,  A61P 11/00 ,  A61P 17/00

FI (16)：

G06F19/00 616 ,  C12P21/08 ,  C07K16/00 ,  C07K14/47 ,  A61K39/395 D ,  A61K39/395 N ,  A61P31/00 ,  A61P13/12 ,  A61P25/00 ,  A61P35/02 ,  A61P35/04 ,  A61P35/00 ,  A61P43/00 111 ,  A61P15/00 ,  A61P11/00 ,  A61P17/00

F-Term (25)：

4B064AG26 ,  4B064CA20 ,  4B064CC24 ,  4B064DA01 ,  4B064DA13 ,  4C085AA13 ,  4C085AA14 ,  4C085AA16 ,  4C085BB36 ,  4C085BB41 ,  4C085BB43 ,  4C085CC22 ,  4C085CC23 ,  4C085EE01 ,  4H045AA10 ,  4H045AA11 ,  4H045AA20 ,  4H045AA30 ,  4H045CA40 ,  4H045DA50 ,  4H045DA75 ,  4H045DA86 ,  4H045EA22 ,  4H045EA31 ,  4H045FA74

Patent cited by the Patent：

Cited by applicant (2)

• タンパク質立体配座を検出するためのエピトープ保護アッセイおよび方法
  Gazette classification：公表公報   Application number：特願2006-523496   Applicant：アモールフィックス・ライフ・サイエンシィズ・リミテッド
• プリオン蛋白質ペプチドおよびその使用
  Gazette classification：公表公報   Application number：特願2001-504406   Applicant：カプリオンファーマシューティカルズインコーポレーティッド

Cited by examiner (2)

• タンパク質立体配座を検出するためのエピトープ保護アッセイおよび方法
  Gazette classification：公表公報   Application number：特願2006-523496   Applicant：アモールフィックス・ライフ・サイエンシィズ・リミテッド
• プリオン蛋白質ペプチドおよびその使用
  Gazette classification：公表公報   Application number：特願2001-504406   Applicant：カプリオンファーマシューティカルズインコーポレーティッド

Article cited by the Patent：

Cited by applicant (1)

• A simple model for calculating the kinetics of protein folding from three-dimensional structures

Cited by examiner (1)

• A simple model for calculating the kinetics of protein folding from three-dimensional structures