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J-GLOBAL ID：201403092321494088
リボ核酸同定装置、リボ核酸同定方法、プログラムおよびリボ核酸同定システム
Inventor：
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Applicant, Patent owner：
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Agent (1)：
渡邊 薫
Gazette classification：特許公報
Application number (International application number)：2010508258
Patent number：5610347
Application date： Apr. 17, 2009
Claim (excerpt)：
【請求項1】 記憶部と制御部とを備えたリボ核酸同定装置であって、
上記記憶部は、
残基配列特異的な切断方法で切断されたリボ核酸に対するタンデム質量分析データから抽出されたスペクトルのピークを記憶するピーク記憶手段と、
核酸エントリー毎に核酸配列を記憶する核酸配列記憶手段と、
上記残基配列特異的な切断方法に対応する断片化規則を記憶する断片化規則記憶手段と、
を備え、
上記制御部は、
上記ピークから実測断片分子量を抽出する実測断片分子量抽出手段と、
上記断片化規則を参照して、上記核酸配列を断片化する断片化手段と、
上記断片化手段で断片化した結果得られた上記核酸配列の断片配列について計算断片分子量を算出する計算断片分子量算出手段と、
上記計算断片分子量と上記実測断片分子量とを比較することにより、上記実測断片分子量に対応する候補計算断片分子量を抽出する候補計算断片分子量抽出手段と、
上記候補計算断片分子量に対応する上記断片配列である候補断片配列を、上記断片配列から抽出する候補断片配列抽出手段と、
上記断片配列について、リボース-3’O結合間とP-5’O結合間に開裂部位を有するとする開裂規則に従って計算プロダクトイオン質量を算出する計算プロダクトイオン質量算出手段と、
上記ピークから実測プロダクトイオン質量を抽出する実測プロダクトイオン質量抽出手段と、
上記計算プロダクトイオン質量と上記実測プロダクトイオン質量とを比較することにより、上記候補断片配列にスコアを付けるスコア付け手段と、
上記スコアに基づいて、上記候補断片配列から、上記リボ核酸の上記断片配列を同定する候補配列同定手段と、
検索対象として予め指定した部分集合内での上記核酸配列の上記断片配列の出現確率を算出する出現確率算出手段と、
上記出現確率に基づいて、上記候補配列同定手段で同定した上記断片配列と上記核酸配列とを比較することにより、上記核酸エントリーにマッピングスコアを付けるエントリースコア付け手段と、
上記マッピングスコアに基づいて、最も確からしい上記核酸エントリーを同定するエントリー同定手段と、
を備えたことを特徴とするリボ核酸同定装置。
IPC (3)：
C12N 15/09 ( 200 6.01)
, C12M 1/00 ( 200 6.01)
, C12Q 1/68 ( 200 6.01)
C12N 15/00 ZNA A
, C12M 1/00 A
, C12Q 1/68 Z
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