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J-GLOBAL ID：201801000935055928
Update date: Oct. 26, 2024
Matsuda Fumio
Matsuda Fumio
Affiliation and department：
Research field (3)：
Systems genomics
, Applied biofunctional and bioprocess engineering
, Bioorganic chemistry
Research keywords (2)：
質量分析
, 代謝工学
Research theme for competitive and other funds (18)：
- 2022 - 2026 Computer simulation of yeast metabolism by data-driven ensemble modeling
- 2021 - 2026 データ駆動型の次世代微生物進化育種
- 2021 - 2024 Identification and validation of PET-positive lung cancer-specific biomarkers
- 2017 - 2022 Trans-omic analysis of metabolic adaptation
- 2017 - 2022 Metabolic adaptation in drug resistance
- 2018 - 2021 Quantitative proteomics for metabolic engieering of Saccharomyces cerevisiae
- 2015 - 2021 高生産性微生物創製に資する情報解析システムの開発
- 2020 - データ駆動型統合バイオ生産マネジメントシステム( Data driven iBMS )の研究開発
- 2017 - 2020 人工水平遺伝子伝播による酵母の代謝進化プロセスの再構成
- 2017 - 2019 Development of Simulation System of Cancer Metabolism
- 2016 - 2019 Identification of Limiting Step and Optimization of Metabolism based on Analysis of Dynamic Behaviors of Multilayers Omics Data
- 2015 - 2018 Metabolic Engineering of yeast strains producing higher alcohols based on the precise metabolic characterization
- 2012 - 2016 Creation of Stress Tolerant Microbial Cell Factories based on Multiomics Analysis of Laboratory Evolution Process
- 2013 - 2015 Expansion of the central carbon metabolism in Saccharomyces cerevisiae
- 2001 - 2002 エリシター処理によるジャガイモのフェノール性アミド化合物の誘導機構
- ジャガイモにおけるフェトル性アミド化合物の誘導メカニズム
- Induction of phenolic amide compounds in potato
- トリプトファン高生産型遺伝子改変イネの代謝性状解析
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Papers (203)：
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Taisuke Seike, Hiroki Takekata, Natsue Sakata, Chikara Furusawa, Fumio Matsuda. Yamadazyma thunbergiae sp. nov., a novel yeast species associated with Bengal clock vines and soil in Okinawa, Japan. International journal of systematic and evolutionary microbiology. 2024. 74. 10
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Tomoaki Toyoda, Nami Miura, Shingo Kato, Takeshi Masuda, Ryuji Ohashi, Akira Matsushita, Fumio Matsuda, Sumio Ohtsuki, Akira Katakura, Kazufumi Honda. Identification of TPI1 As a potential therapeutic target in pancreatic cancer with dependency of TP53 mutation using multi-omics analysis. Cancer science. 2024
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Takeo Taniguchi, Nobuyuki Okahashi, Fumio Matsuda. 13C-metabolic flux analysis reveals metabolic rewiring in HL-60 neutrophil-like cells through differentiation and immune stimulation. Metabolic Engineering Communications. 2024. e00239-e00239
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Chinatsu Matsuyama, Taisuke Seike, Nobuyuki Okahashi, Teppei Niide, Kiyotaka Y. Hara, Yoko Hirono-Hara, Jun Ishii, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda. Metabolome analysis of metabolic burden in Escherichia coli caused by overexpression of green fluorescent protein and delta-rhodopsin. Journal of Bioscience and Bioengineering. 2024
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Fumio Matsuda. Data Processing of Product Ion Spectra: Redundancy of Product Ion Spectra of Small Molecules in Data-Dependent Acquisition Dataset. Mass Spectrometry. 2023. 12. 1. A0138-A0138
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MISC (206)：
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松田史生. Basics of metabolic simulation method using omics data. 実験医学. 2024. 42. 5
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岩間亮, 岩間亮, 岡橋伸幸, 加藤遼, 加藤遼, 奥崎紗矢, 奥崎紗矢, 松田史生, 堀内裕之, 堀内裕之. リピドミクスとラマン顕微鏡による糸状菌内の脂質成分不均一性の解析. 脂質生化学研究. 2024. 66
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松田史生. 実用株の代謝解析に基づく出芽酵母代謝工学. バイオサイエンスとインダストリー. 2024. 82. 4
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岡橋伸幸, 清水浩, 松田史生, 谷口赳夫. 代謝フラックス解析を用いたがん幹細胞特異的代謝の解明. 金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的共同研究拠点. 2023. 2022
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松田史生. Introduction to metabolic analysis using stable isotope labeled compound combined with mass spectrometry. 質量分析総合討論会講演要旨集. 2023. 71st
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Patents (8)：
Books (6)：
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決定版質量分析活用スタンダード : 代謝物からタンパク質、食品・環境の分析まで質量分析のポテンシャルを活かしきる戦略とプロトコール
羊土社 2023 ISBN:9784758122641
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生命科学・生物工学のための間違いから学ぶ実践統計解析 : R・Pythonによるデータ処理事始め
近代科学社Digital,近代科学社(発売) 2021 ISBN:9784764960305
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メタボロミクス実践ガイド〜サンプル調製からデータ解析まで、あなたに合った実験デザインと達人テクニック (実験医学別冊)
羊土社 2021 ISBN:4758122512
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医薬品開発におけるオミクス解析技術
情報機構 2020 ISBN:9784865021844
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スマートセルインダストリー : 微生物細胞を用いた物質生産の展望
シーエムシー出版 2018 ISBN:9784781313344
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Lectures and oral presentations (61)：
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Trans omics analysis of metabolic rewiring in inhibitor treated cancer cells by integrating 13C metabolic flux and metabolome analyses
(The 29th Hot Spring Harbor International Symposium Cutting Edge of Technical Innovations in Trans Omics 2020)
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出芽酵母中心代謝の計測と応用
(第116回醗酵学懇話会 2020)
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Trans-omic analysis of the central metabolism of Saccharomyces cerevisiae by integration of metabolome, metabolic flux, and proteome data
(International Conference of Systemes Biology 2019 2019)
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How to use targeted proteomics in synthetic and systems biology
(2019)
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定量プロテオミクスで代謝を解析してみる
(第8回植物二次代謝フロンティア研究会 2019)
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Works (3)：
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ensemblemodeling
2021 - 現在
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blankmaps
2020 - 現在
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mfapy
2019 - 現在
Education (2)：
- - 2002 Kyoto University
- - 2002 Kyoto University Graduate School, Division of Agriculture
Professional career (1)：
Committee career (9)：
- 2022/04 - 現在 Mass Spectrometry編集委員
- 2020/04 - 現在 日本質量分析学会 和文誌編集委員
- 2019/04 - 現在 日本生物工学会 和文誌編集員
- 2023/04 - 2025/03 日本質量分析学会理事
- 2023/05 - 2023/05 日本質量分析学会 第71回質量分析総合討論会2023実行委員長
- 2021/05 - 2021/11 第15回メタボロームシンポジウム実行委員 第15回メタボロームシンポジウム実行委員
- 2017/04 - 2021/03 日本質量分析学会 理事
- 2020/05 - 2020/05 日本質量分析学会 日本質量分析総合討論会2020実行委員
- - 2016/03 日本生物工学会 英文誌編集員
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Awards (4)：
- 2022/10 - 第30回生物工学論文賞, 日本生物工学会 Fake metabolomics chromatogram generation for facilitating deep learning of peak-picking neural networks
- 2018/10 - 2nd International BMS Symposium 2018 in Kyoto Poster award
- 2018/09 - 日本生物工学会 第26回生物工学論文賞
- 2018/05 - 日本質量分析学会 奨励賞 質量分析を用いた一次代謝の定量分析に関する研究
Association Membership(s) (7)：
日本分子生物学会
, 日本植物バイオテクノロジー学会
, 日本質量分析学会
, 日本生物工学会
, 日本農芸化学会
, 日本植物生理学会
, 日本農薬学会
