被験者のHLA遺伝子のアレルペアを判定する方法

Inventor： , , ,
Applicant, Patent owner：
Agent (8)：高島一 , 土井京子 , 鎌田光宜 , 田村弥栄子 , 小池順造 , 當麻博文 , 赤井厚子 , 戸崎富哉
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2016257041
Publication number (International publication number)：2018108042
Application date： Dec. 28, 2016
Publication date： Jul. 12, 2018
Summary：

【課題】精度よく被験者のHLA遺伝子のアレルを判定することができる新たな方法の提供。【解決手段】以下の工程を含む、被験者のHLA遺伝子のアレルペアを判定する方法:(1)被験者から得られた生体試料中の配列解析情報(リード)を取得する工程、(2)公知のHLAアレルのエクソンおよびイントロンの塩基配列情報を取得し、該エクソンおよび該イントロンの塩基配列情報と該HLAアレルのエクソンおよびイントロンとの対応関係を記録したHLA辞書を作成する工程、(3)工程(1)で取得されたリードが工程(2)で作成されたHLA辞書に含まれるいずれかのエクソンまたはイントロンの塩基配列にと一致する場合、該リードは該塩基配列が含まれるアレルに一致すると判定する工程、(4)工程(3)でリードに一致すると判定されたアレルが含まれるHLA遺伝子に対する該リードの重みを計算する工程、(5)工程(4)で計算されたリードの重みを基に、HLA遺伝子のアレルペアのスコアを計算する工程、(6)工程(5)で計算されたスコアを最大にするアレルペアを探査し、被験者のHLA遺伝子のアレルペアとして判定する工程。【選択図】なし

Claim (excerpt)：

以下の工程を含む、被験者のHLA遺伝子のアレルペアを判定する方法: (1)被験者から得られた生体試料中のHLA遺伝子の部分塩基配列情報(リード)を取得する工程、 (2)公知のHLAアレルのエクソンおよびイントロンの塩基配列情報を取得し、該エクソンおよび該イントロンの塩基配列情報と該HLAアレルのエクソンおよびイントロンとの対応関係を記録したHLA辞書を作成する工程、 (3)工程(1)で取得されたリードが工程(2)で作成されたHLA辞書に含まれるいずれかのエクソンまたはイントロンの塩基配列に一致する場合、該リードは該塩基配列が含まれるアレルに一致すると判定する工程、 (4)工程(3)でリードに一致すると判定されたアレルが含まれるHLA遺伝子に対する該リードの重みを計算する工程、 (5)工程(4)で計算されたリードの重みを基に、HLA遺伝子のアレルペアのスコアを計算する工程、 (6)工程(5)で計算されたスコアを最大にするアレルペアを探査し、被験者のHLA遺伝子のアレルペアとして判定する工程。

IPC (1)：

C12Q 1/68

FI (1)：

C12Q1/68 Z

F-Term (8)：

4B063QA01 , 4B063QQ02 , 4B063QQ43 , 4B063QR08 , 4B063QR62 , 4B063QS24 , 4B063QX02 , 4B063QX10

Patent cited by the Patent：

Cited by examiner (1)

HLAタイピング法
Gazette classification：公開公報 Application number：特願2003-340827 Applicant：株式会社島津製作所

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