ウイルス、細菌および寄生虫等の病原体の型または亜型等の遺伝子型別方法

Inventor： ,
Applicant, Patent owner：
Agent (2)：奥原康司 , 関本澄人
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2015186191
Publication number (International publication number)：2018183057
Application date： Sep. 23, 2015
Publication date： Nov. 22, 2018
Summary：

【課題】本発明は、ウイルス、細菌、寄生虫等の病原体の型または亜型、特にインフルエンザウイルスの亜型を判定するためのLAMP法用のプライマーのセット、該プライマーセットを用いた型または亜型の判定方法、該方法を実施するためのキットの提供を目的とする。【解決手段】本発明は、ウイルス、細菌、寄生虫等の病原体の型または亜型の分類の基準となる遺伝子(RNAまたはDNA)であって、該型または亜型に属する全ての遺伝子を、塩基配列の類似性に基づいていくつかの小グループに分け、各小グループに属する遺伝子を検出し得るプライマーを可能な限り少ない数になるように設計したプライマーである。さらに、本発明は、前述のように作製したプライマーを用いて、検出対象であるウイルス、細菌、寄生虫等の病原体の型または亜型を判定する方法である。【選択図】なし

Claim (excerpt)：

病原体の型または亜型判定用オリゴヌクレオチドプライマーであって、以下の(a)〜(f)の工程を行い、工程(b)および(e)で決定されるフォワードプライマー設定領域のコンセンサス配列からなるフォワードプライマーのセット。 (a)検査対象遺伝子のセンス配列同士またはアンチセンス配列同士をアライメントし、各配列間で対応する位置の塩基同士を比較し、各検査対象遺伝子間で高い相同性を有する領域をフォワードプライマー設定領域として選択する工程、 (b)フォワードプライマー設定領域について、コンセンサス配列を決定する工程、 (c)該コンセンサス配列と各検査対象遺伝子のフォワードプライマー領域の塩基配列の対応する位置の塩基同士を比較し、検査対象遺伝子のフォワードプライマー設定領域の塩基配列の中で、コンセンサス配列の塩基とは異なる塩基の数を、検査対象遺伝子毎にカウントする工程、 (d)工程(c)でカウントされた塩基数が一定数以上である検査対象遺伝子を抽出する工程、 (e)工程(d)で抽出された検査対象遺伝子のフォワードプライマー設定領域の塩基配列同士を再度アライメントし、その設定領域について新たなコンセンサス配列を決定する工程、 (f)抽出される検査対象遺伝子がなくなるまで工程(c)、(d)および(e)を繰り返す工程、

IPC (5)：

C12N 15/09 , C12M 1/00 , C12M 1/34 , C12Q 1/68 , C12Q 1/04

FI (6)：

C12N15/00 A , C12M1/00 A , C12M1/34 Z , C12M1/34 B , C12Q1/68 A , C12Q1/04

F-Term (25)：

4B024AA14 , 4B024CA09 , 4B024HA14 , 4B029AA07 , 4B029BB13 , 4B029BB20 , 4B029CC01 , 4B029FA03 , 4B029FA11 , 4B063QA13 , 4B063QA18 , 4B063QQ03 , 4B063QQ10 , 4B063QQ42 , 4B063QQ52 , 4B063QR32 , 4B063QR35 , 4B063QR62 , 4B063QR72 , 4B063QR79 , 4B063QS02 , 4B063QS24 , 4B063QS25 , 4B063QS34 , 4B063QX02

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