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J-GLOBAL ID：201702248106170039   整理番号：17A0142812

スパークによる大規模ゲノム解析の高速化【Powered by NICT】

Accelerating large-scale genomic analysis with Spark

著者 (6件)： Xueqi Li (State Key Laboratory of Computer Architecture, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, China) ,  Guangming Tan (State Key Laboratory of Computer Architecture, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, China) ,  Chunming Zhang (State Key Laboratory of Computer Architecture, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, China) ,  Xu Li (State Key Laboratory of Computer Architecture, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, China) ,  Zhonghai Zhang (State Key Laboratory of Computer Architecture, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, China) ,  Ninghui Sun (State Key Laboratory of Computer Architecture, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, China)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： BIBM  ページ： 747-751  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ハイスループット次世代シークエンシング技術は安価なゲノム情報の洪水を発生し,癌のような複雑な疾患の主要な原因をよりよく理解するための機会と精密医療を提供している。しかし,現行の最先端技術アプローチはスケーラビリティ限られ,精度と計算効率のために,データ生成の大きなギャップをもっている。知識へのゲノムデータを効率的に合成といかに効果的に探索するために,GATK火花,Apacheスパークを用いたGATKのインメモリ・バージョンを実行する平衡並列化手法を提案した。電流GATK最適化戦略の厳密な解析を行った。計算資源利用,テキストベースのデータフォーマットと長時間の一筋ファイル切削と併合操作は,三種類の主要なスケーラブルなボトルネックであることを確認した。第二に,Apache火花-GATKスパークをビッグデータ計算骨格を有するGATKのための最適化された新しいアプローチ,256CPUコアで37以上の高速化に20時間30分の元の実行を設計経験を共有している。本研究では,大規模ゲノム解析の応用を加速するための戦略ゲノミクス分析パイプラインと設計の理解を促進するであろう。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 最適化 ,  洪水 ,  データフォーマット ,  切削 ,  *高速化
準シソーラス用語： ビッグデータ ,  計算資源 ,  Apacheモジュール ,  計算効率 ,  最先端技術 ,  ゲノム情報 ,  低価格 ,  次世代シークエンシング ,  ハイスループット ,  *ゲノミクス , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： スパーク ,  大規模 ,  ゲノム解析 ,  高速化