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J-GLOBAL ID：201702280764687924   整理番号：17A0747243

1210ORFを考慮したAspergillus nigerゲノムスケール代謝ネットワークモデルの包括的再構成とin silico解析【Powered by NICT】

Comprehensive reconstruction and in silico analysis of Aspergillus niger genome-scale metabolic network model that accounts for 1210 ORFs

著者 (9件)： Lu Hongzhong (State Key Laboratory of Bioreactor Engineering, East China University of Science and Technology, Shanghai, 200237, P. R. China) ,  Cao Weiqiang (State Key Laboratory of Bioreactor Engineering, East China University of Science and Technology, Shanghai, 200237, P. R. China) ,  Ouyang Liming (State Key Laboratory of Bioreactor Engineering, East China University of Science and Technology, Shanghai, 200237, P. R. China) ,  Xia Jianye (State Key Laboratory of Bioreactor Engineering, East China University of Science and Technology, Shanghai, 200237, P. R. China) ,  Huang Mingzhi (State Key Laboratory of Bioreactor Engineering, East China University of Science and Technology, Shanghai, 200237, P. R. China) ,  Chu Ju (State Key Laboratory of Bioreactor Engineering, East China University of Science and Technology, Shanghai, 200237, P. R. China) ,  Zhuang Yingping (State Key Laboratory of Bioreactor Engineering, East China University of Science and Technology, Shanghai, 200237, P. R. China) ,  Zhang Siliang (State Key Laboratory of Bioreactor Engineering, East China University of Science and Technology, Shanghai, 200237, P. R. China) ,  Noorman Henk (DSM Biotechnology Center, Delft, The Netherlands)
資料名： Biotechnology and Bioengineering  (Biotechnology and Bioengineering)
巻： 114  号： 3  ページ： 685-695  発行年： 2017年 
JST資料番号： D0019A  ISSN： 0006-3592  CODEN： BIBIAU  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Aspergillus nigerは工業用酵素と有機酸の生産のための最も重要な細胞工場の一つである。高品質の包括的なゲノムスケール代謝ネットワークモデル(GSMM)は,効率的な菌株改良及びプロセス最適化のために重要である。しかし,GSMM iMA871と命名したA.nigerの現在の最良モデルにおける正確な反応方程式と遺伝子蛋白質反応関係(GPRs)の欠如は,その適用範囲を制限している。これらの限界を克服するために,最新のゲノムアノテーションと文献マイニング技術を組み合わせることにより,A.niger GSMMを更新した。iMA871と比較して,iHL1210における反応の数は1,380~1,764,および871~1,210のユニークなORFの数から増加した。トランスクリプトミクス解析の助けを借りて,グルコースを唯一の炭素源として使用した場合,iHL1210における63%ORFと68%反応の存在を検証することができた。公表された文献からのケモスタット培養,~13C標識および分子実験からの生理学的データは,iHL1210の性能をチェックするために用いた。~13C標識データから予測されたフラックスと推定フラックス間の平均相関係数は十分に高い(0.89以上)と大部分の報告された炭素源および窒素源の上での細胞成長の予測は一貫していた。最新のゲノムスケールモデルを用いて,合成と酵母エキス培地で遺伝子の必須性と同様に,A.nigerにおけるグルコアミラーゼ生産のNADPH供給の影響を評価した。要約すると,新しいA.niger GSMM iHL1210は代謝被覆率と予測性能,A.nigerの系統的代謝工学への道を開くに関して有意な改善を含んでいる。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *Aspergillus niger ,  *代謝 ,  遺伝子 ,  酵素 ,  細胞増殖 ,  生理学 ,  栄養素 ,  有機酸 ,  ケモスタット ,  ヘキソース ,  アルドース ,  アデニンヌクレオチド ,  ニコチンアミドヌクレオチド
準シソーラス用語： 代謝工学 ,  炭素源 ,  *代謝ネットワーク ,  トランスクリプトーム解析 ,  *in silico解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Aspergillus niger ,  ゲノムスケールの代謝モデル ,  マルチオミックス ,  グルコアミラーゼ

分類 (4件)： 代謝と栄養  (EG03054K) ,  酵素一般  (EB09010D) ,  微生物酵素の生産  (FK03030L) ,  酵素生理  (EG03052C)

物質索引 (2件)： グルコース ,  NADPH

タイトルに関連する用語 (7件)： Aspergillus ,  ゲノム ,  スケール ,  代謝ネットワーク ,  モデル ,  再構成 ,  解析