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J-GLOBAL ID：201802253125531382   整理番号：18A1431660

コアゲノムMLSTの出現はin silico MLSTの役割を終わるか?【JST・京大機械翻訳】

Will the emergence of core genome MLST end the role of in silico MLST?

著者 (1件)： Kimura Bon (Department of Food Science and Technology, Tokyo University of Marine Science and Technology (TUMSAT), Konan 4-5-7, Minato-ku, Tokyo 108-8477, Japan)
資料名： Food Microbiology  (Food Microbiology)
巻： 75  ページ： 28-36  発行年： 2018年 
JST資料番号： A0012B  ISSN： 0740-0020  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 食品媒介病原体に対する次世代配列決定(NGS)を用いた分子疫学的分析の技術的進歩は,過去3年間にわたり基礎的な影響を持っている。特に,cg(コアゲノム)多遺伝子座配列タイピング(MLST)の出現は有意な影響を有する。これは,この技術が,一般的な定義を用いて,一般的な言語における食品媒介病原体に関する分子疫学的分析を行うための多くの研究者にとって可能になったからである。コアゲノムMLST(cgMLST)の分解能はMLSTのそれをはるかに上回り,7つの(通常,5つのケースで)ハウスキーピング遺伝子を使用するだけである。したがって,cgMLSTは分子疫学的ツールとして従来のMLSTの役割を停止させない。しかし,MLSTの役割は,おそらく全体として終わらないであろう。むしろ,従来のMLSTの配列型(ST)は,次の10年におけるより広い範囲の研究者により,in silico MLSTとして使用されると期待されている。これは,NGS時代の到来により,NGSテキストファイルを一つのPCに簡単に入力することにより,従来のMLSTのSTを得ることができたからである。言い換えると,STデータの取得は,最初の場所でMLSTを行うことを目的とした研究者にはもはや限られていない。このような変化の影響は大きい。in silico MLSTは細菌株の広い特性を理解するためのツールとして使用され続けている。本レビューは,代表的な食品媒介病原体に対して蓄積されたSTsに関する主な情報を要約することを目的とした。特に,MLSTにより知られていないこの新しい時代における潜在的NGS利用者に対するものである。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *言語 ,  ハウスキーピング遺伝子 ,  分解能 ,  次世代シークエンシング ,  *in silico ,  *多座位配列タイピング ,  食品媒介病原体
準シソーラス用語： テキストファイル ,  分子疫学 ,  食品媒介病原菌 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： in silico MLST ,  CGMLST ,  シーケンス型(ST) ,  次世代シークエンシング ,  NGS

分類 (1件)： 食品の汚染  (FJ01053P)

タイトルに関連する用語 (4件)： コア ,  ゲノム ,  MLST ,  役割