正確な5′末端を持つヒト長鎖ノンコーディングRNAのアトラス

HON Chung-Chau; RAMILOWSKI Jordan A.; HARSHBARGER Jayson; SEVERIN Jessica; LIZIO Marina; KAWAJI Hideya; KASUKAWA Takeya; ITOH Masayoshi; BURROUGHS A. Maxwell; NOMA Shohei; YIP Chi-Wai; ABUGESSAISA Imad; MENDEZ Mickaeel; HASEGAWA Akira; TANG Dave; LASSMANN Timo; HEUTINK Peter; SUZUKI Harukazu; DAUB Carsten O.; DE HOON Michiel J. L.; ARNER Erik; CARNINCI Piero; FORREST Alistair R. R.; BERTIN Nicolas; HAYASHIZAKI Yoshihide; BERTIN Nicolas; RACKHAM Owen J. L.; GOUGH Julian; RACKHAM Owen J. L.; DENISENKO Elena; SCHMEIER Sebastian; POULSEN Thomas M.; KAWAJI Hideya; ITOH Masayoshi; HAYASHIZAKI Yoshihide; BURROUGHS A. Maxwell; DJEBALI Sarah; DJEBALI Sarah; ALAM Tanvir; MEDVEDEVA Yulia A.; MEDVEDEVA Yulia A.; TESTA Alison C.; FORREST Alistair R. R.; LIPOVICH Leonard; TANG Dave; LASSMANN Timo; HEUTINK Peter; BABINA Magda; WELLS Christine A.; WELLS Christine A.; KOJIMA Soichi; NAKAMURA Yukio; NAKAMURA Yukio; DAUB Carsten O.

文献

J-GLOBAL ID：201702237954137081 整理番号：17A0342093

正確な5′末端を持つヒト長鎖ノンコーディングRNAのアトラス

An atlas of human long non-coding RNAs with accurate 5′ ends

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資料名：
巻： 543 号： 7644 ページ： 199-204 発行年： 2017年03月09日
JST資料番号： D0193B ISSN： 0028-0836 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

長鎖ノンコーディングRNA(lncRNA)には多種多様なものが含まれており,機能が明らかになっていないものが多い。今回我々は,FANTOM5プロジェクトで取得したCAGE(cap analysis of gene expression)データと,多数の転写産物より得られたデータを統合し,包括的なヒトlncRNAアトラスを作製した。これには,信頼度の高い5′末端を持つ2万7919種のヒトlncRNA遺伝子構造と,ヒトの主要な細胞種や組織に由来する1829試料における発現プロファイルが記載されている。ゲノムおよびエピジェネティクスの観点より分類すると,タンパク質コード遺伝子の間に位置するlncRNAのほとんどは,プロモーターではなくエンハンサーから生じることが明らかになった。遺伝的関連データや発現データとの統合的解析により,形質と関連する一塩基多型領域に位置するlncRNAは,その形質に関係する細胞種に特異的に発現することが示され,この結果は,これらlncRNAが疾患に関与することを示唆している。さらに,メッセンジャーRNAの発現量的形質座位(eQTL)に関連する一塩基多型領域に位置するlncRNAは,対応するメッセンジャーRNAと共発現することが明らかになり,これらのlncRNAが転写調節に役割を担う可能性を示唆している。進化的保存性に関するデータと組み合わせることで,ヒトゲノム内には1万9175種の機能的と考えられるlncRNAが存在することが明らかになった。Copyright Nature Japan KK 2017

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核酸一般 , 遺伝子発現 , 進化論一般

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