榊原康文

2023 - 2028 天然物が織り成す化合物潜在空間が拓く生物活性分子デザイン
2023 - 2028 深層学習を用いた化合物潜在空間の構築および人工分子構造のデザイン
2021 - 2024 人工知能により病理画像と多層オミックスデータを統合した新しい病理診断の創出
2018 - 2023 非コードRNA遺伝子をゲノムワイドに発見する汎用システム
2017 - 2022 化学コミュニケーションのフロンティア

2017 - 2022 人工知能を用いた化学コミュニケーション空間の多様性と共通性の解明

2016 - 2021 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

2015 - 2018 低酸素ストレス応答が制御する発がん機構の解明

2015 - 2018 マウスとヒトの遺伝学的統合によるがん関連遺伝子多型の同定

2014 - 2018 ビッグデータ駆動型創薬システム研究拠点

2014 - 2016 消化管内病原細菌特異的排除型新規分子標的療法の確立

2011 - 2016 糖鎖プライマー法を活用した新規グライコミクスを基盤とする細胞機能の解析と制御

2010 - 2016 発がんにおけるテロメア機能

2010 - 2015 ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援

2010 - 2014 中枢神経系における神経細胞社会の構築機構

2011 - 2014 発がんゲノムにおける非コードRNAの網羅的機能解析

2006 - 2011 タンパク質化合物相互作用の網羅的予測手法とデータベースの開発

2009 - 2010 ケミカルシャペロン療法のための革新的スクリーニング法の開発

2007 - 2009 中枢神経系における神経細胞社会の構築機構

2005 - 2009 比較ゲノム解析のための情報変換モデルの構築と計算手法の開発

2005 - 2009 機能性RNAの探索・解析のためのバイオインフォマティクス技術の開発

2004 - 2006 転写制御プログラムのシステム的解析

2002 - 2006 構造的分子計算理論-自律的計算系の解析と設計のための基礎理論

2003 - 2004 計算的プロテオーム解析による核外移行シグナルの同定

2001 - 2003 分子計算を用いた学習アルゴリズムの設計と応用

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Manato Akiyama, Yasubumi Sakakibara, Kengo Sato. Direct Inference of Base-Pairing Probabilities with Neural Networks Improves Prediction of RNA Secondary Structures with Pseudoknots. Genes. 2022. 13. 11. 2155-2155
Shunya Kashiwagi, Kengo Sato, Yasubumi Sakakibara. A max-margin model for predicting residue-base contacts in protein-RNA interactions,. Life. 2021. 11. 11. 1135
Kengo Sato, Manato Akiyama, Yasubumi Sakakibara. RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration,. Nature Communications. 2021. 12. 1. 941
Taishiro Kishimoto, Akihiro Takamiya, Kuo-Ching Liang, Kei Funaki, Takanori Fujita, Momoko Kitazawa, Michitaka Yoshimura, Yuki Tazawa, Toshiro Horigome, Yoko Eguchi, et al. The project for objective measures using computational psychiatry technology (PROMPT): Rationale, design, and methodology. Contemporary clinical trials communications. 2020. 19. 100649-100649
Vasanthan Jayakumar, Hiromi Ishii, Misato Seki, Wakako Kumita, Takashi Inoue, Sumitaka Hase, Kengo Sato, Hideyuki Okano, Erika Sasaki, Yasubumi Sakakibara. An improved de novo genome assembly of the common marmoset genome yields improved contiguity and increased mapping rates of sequence data. BMC Genomics. 2020. 21. S3

Yamanishi Y, Sakakibara Y, Chen Y. Guest Editorial for the 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2019. 16. 1. 1-2
四井美月, Liang Kuo-ching, 廣原茉耶, 北沢桃子, 吉村道孝, 江口洋子, 藤田卓仙, 岸本泰士郎, 榊原康文. 音声データを用いたうつ病重症度の深層学習解析. 人工知能学会全国大会論文集. 2018. 2018. 0. 4C2OS27b02-4C2OS27b02
星野敦, 仁田坂英二, V. Jayakumar, 榊原康文. 新たなステージに入ったアサガオ研究。高精度なゲノム解読と幻の黄色いアサガオの再現. 化学と生物. 2018. 56. 39-46
吉澤康博, 奥村和弘, 齋藤慈, 宗形春花, 青戸良賢, 磯貝恵理子, 榊原康文, 若林雄一. Stmm1a(Skin tumour modifier of MSM/Ms)に位置するPak1はその発現低下により細胞増殖を抑制する. 日本癌学会総会記事. 2017. 76回. P-1009
青木言太, 土谷麻里子, 小坂威雄, 長谷純崇, 佐藤健吾, 水野隆一, 大家基嗣, 榊原康文. がん細胞株におけるderived RNAのプロファイル解析. 日本RNA学会年会要旨集. 2017. 19th

核酸分子を用いた新規な情報解析方法およびそれを用いた核酸の解析方法
Data Sorting,Data Sorting Tree Creating,Derivative

情報数理シリーズ「計算論的学習」
培風館 2001
DNAコンピューティング
シュプリンガー・フェアラーク東京 1999
新版情報処理ハンドブック
オーム社 1995

MetaVelvet : An extension of Velvet assembler to de novo metagenome assembly from short sequence reads
(ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine 2011 2011)
Comprehensive analysis of small non-coding RNAs in medaka transcriptome by deep RNA-seq approach
(RNA 2011 Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society 2011)
Genome-wide detections of non-coding RNAs on Ciona intestinalis genome: from in silico search of snoRNA to full-length sequencing and expression analysis
(5th International Tunicate Meeting 2009)
Discriminative Detection of Cis-acting Regulatory Variation from Location Data
(The 4th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC2006), Taiwan 2006)
Development of an in vivo computer based on Escherichia coli
(The 11th International Meeting on DNA Based Computers (DNA11), London, Ontario 2005)

1985 - 東京工業大学理工学研究科情報科学専攻
1983 - 東京工業大学理学部情報科学科

理学 (東京工業大学)
理学 (Tokyo Institute of Technology)

2005/04 - 現在慶應義塾大学理工学部生命情報学科, 教授
2002/04 - 2005/03 慶應義塾大学大学院理工学研究科基礎理工学専攻 ,助教授
2002/04 - 2005/03 慶應義塾大学理工学部生命情報学科 ,助教授
2001/10 - 2002/03 東京電機大学理工学部情報科学科 ,教授
1996/04 - 2001/09 東京電機大学理工学部情報科学科 ,助教授

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1995/10 - 現在 6th International Workshop on Algorithmic Learning 招待講演
1995/10 - 現在 6th International Workshop on Algorithmic Learning 招待講演
1990/04 - 現在人工知能学会人工知能基礎論研究会連絡委員
1990/04 - 現在人工知能学会人工知能基礎論研究会連絡委員
2010/07/14 - 2010/07/17 16th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming Program Committee Co-Chairman

2010/07/14 - 2010/07/17 16th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming プログラム委員長

2009/12/14 - 2009/12/16 20th International Conference on Genome Informatics(GIW2009) organizing chairman

2009/12/14 - 2009/12/16 ゲノムインフォマティクス国際会議大会委員長

2009/09/07 - 2009/09/08 第8回新しい RNA/RNP を見つける会 Committee Chair

2009/09/07 - 2009/09/08 第8回新しい RNA/RNP を見つける会委員長

1998/04 - 2002/03 情報処理学会論文誌編集委員会委員

1998/04 - 2002/03 人工知能学会人工知能基礎論研究会幹事

1998/04 - 2002/03 情報処理学会論文誌編集委員会委員

1998/04 - 2002/03 人工知能学会人工知能基礎論研究会幹事

1994 - 2002 2nd,3rd,4th,5th,6th International Colloquium on Gr Program Committee Member

1994 - 2000 5th,7th,8th,9th,11th International Workshop on Alg Program Committee Member

1994/04 - 1995/03 (財)新世代コンピュータ技術開発機構蛋白質立体構造予測タスクグループ委員

1991/04 - 1994/03 情報処理学会学会誌編集委員会委員

1990/04 - 1992/03 (財)新世代コンピュータ技術開発機構計算論的学習理論ワーキンググループ委員

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1999 - 東京電機大学研究振興会東京電機大学研究振興会教育奨励賞「プログラム言語のマルチメディア教育」

人工知能学会人工知能基礎論研究会 , 第44回情報処理学会全国大会チュートリアルセッション機械学習入門

榊原 康文