研究者
J-GLOBAL ID:200901052621726836   更新日: 2020年06月09日

榊原 康文

サカキバラ ヤスブミ | Yasubumi Sakakibara
所属機関・部署:
職名: 教授
ホームページURL (2件): http://www.dna.bio.keio.ac.jp/http://www.dna.bio.keio.ac.jp/
研究分野 (2件): 生命、健康、医療情報学 ,  システムゲノム科学
研究キーワード (2件): バイオインフォマティクス ,  がんゲノム
競争的資金等の研究課題 (9件):
  • 2018 - 2023 非コードRNA遺伝子をゲノムワイドに発見する汎用システム
  • 2017 - 2022 人工知能を用いた化学コミュニケーション空間の多様性と共通性の解明
  • 2014 - 2018 ビッグデータ駆動型創薬システム研究拠点
  • 2010 - 2015 ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援
  • 2011 - 2014 発がんゲノムにおける非コードRNAの網羅的機能解析
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論文 (93件):
  • Hirohara M, Saito Y, Koda Y, Sato K, Sakakibara Y. Convolutional neural network based on SMILES representation of compounds for detecting chemical motif. BMC Bioinformatics. 2018. 19
  • Akiyama M, Sato K, Sakakibara Y. A max-margin training of RNA secondary structure prediction integrated with the thermodynamic model. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2018. 16. 6
  • Yoshimasa Aoto, Kazuhiro Okumura, Tsuyoshi Hachiya, Sumitaka Hase, Yuichi Wakabayashi, Fuyuki Ishikawa, Yasubumi Sakakibara. Time-Series Analysis of Tumorigenesis in a Murine Skin Carcinogenesis Model. Scientific reports. 2018. 8. 1. 12994-12994
  • Aoki G, Sakakibara Y. Convolutional neural networks for classification of alignments of non-coding RNA sequences. Bioinformatics. 2018. 34. 13. i237-i244
  • V. Jayakumar, 榊原 康文. Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence data. Briefings in Bioinformatic. 2017
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MISC (1件):
  • Yamanishi Y, Sakakibara Y, Chen Y. Guest Editorial for the 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2019. 16. 1
特許 (2件):
  • 核酸分子を用いた新規な情報解析方法およびそれを用いた核酸の解析方法
  • Data Sorting,Data Sorting Tree Creating,Derivative
書籍 (3件):
  • 情報数理シリーズ「計算論的学習」
    培風館 2001
  • DNAコンピューティング
    シュプリンガー・フェアラーク東京 1999
  • 新版 情報処理ハンドブック
    オーム社 1995
講演・口頭発表等 (24件):
  • MetaVelvet : An extension of Velvet assembler to de novo metagenome assembly from short sequence reads
    (ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine 2011 2011)
  • Comprehensive analysis of small non-coding RNAs in medaka transcriptome by deep RNA-seq approach
    (RNA 2011 Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society 2011)
  • Genome-wide detections of non-coding RNAs on Ciona intestinalis genome: from in silico search of snoRNA to full-length sequencing and expression analysis
    (5th International Tunicate Meeting 2009)
  • Discriminative Detection of Cis-acting Regulatory Variation from Location Data
    (The 4th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC2006), Taiwan 2006)
  • Development of an in vivo computer based on Escherichia coli
    (The 11th International Meeting on DNA Based Computers (DNA11), London, Ontario 2005)
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学歴 (2件):
  • 1985 - 東京工業大学 情報科学専攻
  • 1983 - 東京工業大学 情報科学科
学位 (2件):
  • 理学 (東京工業大学)
  • 理学 (Tokyo Institute of Technology)
経歴 (7件):
  • 2005/04 - 現在 慶應義塾大学理工学部生命情報学科, 教授
  • 2002/04 - 2005/03 慶應義塾大学大学院理工学研究科基礎理工学専攻 ,助教授
  • 2002/04 - 2005/03 慶應義塾大学理工学部生命情報学科 ,助教授
  • 2001/10 - 2002/03 東京電機大学理工学部情報科学科 ,教授
  • 1996/04 - 2001/09 東京電機大学理工学部情報科学科 ,助教授
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委員歴 (24件):
  • 1995/10 - 現在 6th International Workshop on Algorithmic Learning 招待講演
  • 1995/10 - 現在 6th International Workshop on Algorithmic Learning 招待講演
  • 1990/04 - 現在 人工知能学会 人工知能基礎論研究会 連絡委員
  • 1990/04 - 現在 人工知能学会 人工知能基礎論研究会 連絡委員
  • 2010/07/14 - 2010/07/17 16th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming Program Committee Co-Chairman
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受賞 (1件):
  • 1999 - 東京電機大学研究振興会 東京電機大学研究振興会 教育奨励賞 「プログラム言語のマルチメディア教育」
所属学会 (2件):
人工知能学会 人工知能基礎論研究会 ,  第44回情報処理学会全国大会 チュートリアルセッション 機械学習入門
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