- 2020 - 2024 近赤外光適応型酸素発生光合成の多様性と機構の解明、理論解析
- 2020 - 2023 細胞寿命制御基盤の解明
- 2019 - 2023 イオン輸送性ロドプシンの反応中間体の構造解析
- 2017 - 2023 地衣類・藻類・植物の乾燥下での超高速過剰光エネルギー散逸の分子機構解明と利用
- 2019 - 2022 強力な直接遺伝学を駆使して微生物走性システムの全貌を見る
- 2019 - 2022 遺伝子発現制御機構におけるシスエレメント機能の論理解析
- 2018 - 2022 光合成の喪失と従属栄養の促進:長期継代培養による栄養性の進化
- 2016 - 2020 イオン輸送性ロドプシンの反応状態の構造解析
- 2013 - 2017 緑藻の生物時計の分子基盤
- 2013 - 2017 セマフォリンシグナルによる多様な細胞特性制御の解明
- 2012 - 2015 網羅的遺伝子変異検出法を活用したマウスの食餌性糖尿病および肥満遺伝子の同定
- 2012 - 2015 レチナール蛋白質の高次構造と機能
- 2012 - 2014 世界トップレベルのスプリンターにおける全エクソン領域の塩基配列決定
- 2009 - 2014 日本各地の縄文系対弥生系人口比率と日本人成立過程;ミトコンドリアDNAによる
- 2009 - 2011 光駆動性イオンポンプの時間分解構造解析
- 2009 - 2011 ロドプシン群の構造と機能分化
- 2009 - 2010 光エネルギーで作動するナノイオンポンプの構造・機能解析
- 2007 - 2008 ロドプシン群の共通構造モチーフの解析
- 2005 - 2007 生物時計分子装置の作動原理解明
- 2006 - 2006 光活性大腸菌を用いた光エネルギー共役システムの作成
- 2005 - 2006 イオン輸送蛋白質の4次元構造解析
- 2005 - 2006 時計タンパク質KaiCの一生
- 2005 - 2005 生物時計装置作動の可視化
- 2004 - 2004 生物時計装置の一分子測定
- 2003 - 2004 レチナール蛋白質のX線結晶構造解析
- 2003 - 2004 藍色細菌の生物時計装置の原子レベルでの解明
- 2003 - 2003 生物時計装置の原子レベルでの解明
- 2002 - 2002 好熱性藍色細菌のDNAマイクロアレイの開発と生物時計研究への応用
- 2001 - 2002 時計タンパク質複合体のX線結晶構造解析と複合体形成のダイナミクス
- 2001 - 2002 藍藻における概日リズムの分子機構の解明
- 2001 - 2001 クラミドモナスの遺伝子発現のリアルタイムモニタリング
- 2001 - 2001 藍色細菌のDNAチップの開発と生物時計研究への応用
- 2000 - 2001 生体イオンポンプの反応中間体のX線結晶構造解析
- 1998 - 1999 イオン輸送と共役した分子内回転機構の解明
- 1998 - 1999 膜タンパク質の立体構造解析を目指した大量発現系の開発
- 1997 - 1997 岩塩/好塩性古細菌分布データベース作成
- 1996 - 1996 岩塩試料に残された生物学的痕跡
- 1995 - 1995 ハロロドプシン族のイオン選択性
- 1995 - 1995 ペルム紀-三畳紀のハライト鉱物結晶中に封入された高度好塩性古細菌の復活の試み
- 1992 - 1992 光合成生物への高塩環境適応性の導入
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