- 2023 - 2026 祖先酵素の網羅的復元解析による耐熱性と低温活性が共存した酵素の獲得
- 2021 - 2025 全生物の共通祖先から遡る原始タンパク質のアミノ酸組成の探求
- 2019 - 2022 原始環境に存在したと推定されるアミノ酸のみで発現可能なタンパク質機能の探索
- 2021 - 隕石中のアミノ酸組成を持つタンパク質の再構成
- 2018 - 2020 タンパク質の起源に纏わる「鶏と卵のパラドックス」の解決による地球と宇宙での生命誕生場の推定
- 2017 - 2019 初期翻訳系で使われたアミノ酸種類の時系列変化に関する研究
- 2017 - 2018 冥王代生命学の創成 ・初期地球環境に相対的に多く存在したアミノ酸種を用いた原始的タンパク質の構築
- 2016 - 2018 タンパク質を材料とした革新的繊維素材開発のための技術基盤の構築
- 2015 - 2016 冥王代生命学の創成 ・生命の誕生に必要となるアミノ酸情報量の実験による検証
- 2015 - 2015 地球型生命におけるアミノ酸情報量の普遍性と特殊性の検証:遺伝暗号とアミノ酸レパートリーの進化
- 2011 - 2014 全生物の共通祖先と、さらにそれ以前のタンパク質に関する研究
- 2014 - 2014 進化情報に基づく酵素の耐熱化設計
- 2014 - 2014 Stabilization of industrially useful enzymes by the ancestral design method
- 2014 - 2014 地球型生命におけるアミノ酸情報量の普遍性と特殊性の検証
- 2012 - 2014 好熱菌酵素を低温高活性化するためのガイドラインの構築
- 2008 - 2010 タンパク質復元に基づく古細菌、真正細菌、全生物の共通祖先の研究
- 2001 - 2001 単純化されたアミノ酸配列を持つタンパク質の構築に関する研究
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