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J-GLOBAL ID：200902250850465523   整理番号：08A1219150

黒毛和種肥育牛の枝肉形質バイオマーカーの探索 I:大規模プロテオーム解析情報と血統・枝肉形質情報の統合情報管理システムの構築

Developing an integrated database system for the large-scale proteomic analysis of Japanese Black cattle

著者 (16件)： 永井宏平 (わかやま産業振興財団) ,  吉廣卓哉 (和歌山大 システム工) ,  井上悦子 (和歌山大 システム工) ,  池上春香 (わかやま産業振興財団) ,  園陽平 (わかやま産業振興財団) ,  川路英哉 (NTTソフトウエア) ,  小林直彦 (岐阜県畜産研) ,  松橋珠子 (岐阜県畜産研) ,  大谷健 (岐阜県畜産研) ,  森本康一 (わかやま産業振興財団) ,  森本康一 (近畿大 生物理工) ,  中川優 (わかやま産業振興財団) ,  中川優 (和歌山大 システム工) ,  入谷明 (近畿大 生物理工) ,  松本和也 (わかやま産業振興財団) ,  松本和也 (近畿大 生物理工)
資料名： 日本畜産学会報
巻： 79  号： 4  ページ： 467-481  発行年： 2008年11月25日 
JST資料番号： F0902B  ISSN： 1346-907X  CODEN： NICKA3  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： 我々は,黒毛和種肥育牛の枝肉形質に関連するバイオマーカーの同定を目的とする大規模プロテオーム解析に特化した統合情報管理システムを構築した。この統合情報管理システムを利用することで,血統情報や枝肉形質の情報など43項目におよぶ肥育牛の生物情報とプロテオーム解析で得られる数百から数千個におよぶタンパク質スポットの発現量データを一元的に管理することができ,柔軟な検索機能を有したデータ管理・検索インタフェースを介して,様々な統計解析やデータマイニング解析に必要なデータ群を簡便に抽出することが可能になった。本稿では,本システムの概要を示すとともに,現在までに蓄積されている黒毛和種肥育牛の枝肉形質・血統データ,および腎周囲白色脂肪組織におけるタンパク質発現データを用いてシステムを稼働・実施することで,(1)種雄牛BとCの産子の枝肉重量の比較,(2)二代祖(母の父)が,種雄牛Dの産子の枝肉形質に与える影響の解析,(3)バラの厚さの高い群と低い群の間での十個のタンパク質スポットの発現量の比較(4)エネルギー生産に関わるタンパク質であるF1 ATPsynthase chain Fの発現量と枝肉形質との相関解析などの解析を行い,本システムの有効性を実証した。(著者抄録)

シソーラス用語： *黒毛和種 ,  *枝肉 ,  牛肉 ,  食品分析 ,  プロテオーム ,  タンパク質 ,  *データベース ,  *情報管理システム ,  遺伝子発現 ,  計算機システム開発 ,  データ蓄積 ,  系統差 ,  データ解析 ,  産肉能力 ,  相関 ,  データ管理 ,  インタフェイス ,  蛋白質発現 ,  *肉牛 ,  食肉 ,  分子遺伝現象
準シソーラス用語： システム構築 ,  プロテオーム解析

分類 (3件)： 牛  (FD02020Y) ,  生肉の品質と処理  (FJ12032O) ,  その他の計算機利用技術  (JE14000C)

引用文献 (12件)：

• AEBERSOLD, R. Current problems and technical solutions in protein biochemistry. Proteins : Analysis and Design. 1998, 3-120
• BLACKSTOCK, WP. Proteomics : quantitative and pysical mapping of cellular proteins. Trends in Biotechnology. 1999, 17, 121-127
• 藤田芳司. 病態プロテオミクスと創薬-国内外の動向-. 疾患プロテオミクスの最前線. 2005, 31-41
• GORG, A. The current state of two-dimensional electrphoresis with immobilized pH gradients. Electrophoresis. 2000, 21, 1037-1053
• JIA, X. Proteome changes in bovine longissimus thoracis muscle during the early postmortem storage period. Journal of Proteome Research. 2007, 6, 2720-2731

タイトルに関連する用語 (10件)： 黒毛和種肥育牛 ,  枝肉形質 ,  バイオマーカー ,  探索 ,  大規模 ,  プロテオーム解析 ,  血統 ,  統合 ,  情報管理システム ,  構築