蛋白質結合性ペプチドの設計・選出方法

発明者：
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：鎌田文二 (外2名)
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2002-062348
公開番号（公開出願番号）：特開2003-263465
出願日： 2002年03月07日
公開日（公表日）： 2003年09月19日
要約：

【要約】【課題】特定蛋白質に対して特異的かつ高親和的に結合するペプチドをコンピュータの支援によって可及的に簡便かつ合理的に設計しかつ選出することである。【解決手段】標的蛋白質のアミノ酸配列およびその立体分子構造をコンピュータに入力し、前記立体分子構造の溶媒接触表面上に均等に配置した表面点の疎水性ポテンシャル(MHP)を算出すると共に、これを自己組織化特徴地図法によって2次元に展開し、さらにフーリエ変換によって高周波領域を除去することにより疎水性アミノ酸の集合領域を特定し、この領域に対応する立体分子構造上のアミノ酸配列に対して結合性を有するペプチドを、コンピュータの定量的構造活性相関プログラムで設計および選出することからなる蛋白質結合性ペプチドの設計・選出方法とする。定量的構造活性相関プログラムとしては、疎水性アミノ酸の集合領域に対応する立体分子構造上のアミノ酸配列の各アミノ酸残基の疎水度を定量化してフーリエ変換し、表示される周期に対して相補的な疎水度の周期を示すアミノ酸配列を選出する工程を含むプログラムを採用できる。

請求項（抜粋）：

蛋白質のアミノ酸配列およびその立体分子構造をコンピュータに入力し、前記立体分子構造の溶媒接触表面上に均等に配置した表面点の疎水性ポテンシャル(MHP)を算出すると共に、これを自己組織化特徴地図法によって2次元に展開し、さらにフーリエ変換によって高周波領域を除去することにより疎水性アミノ酸の集合領域を特定し、この領域に対応する前記立体分子構造上のアミノ酸配列に対して結合性を有するペプチドを、コンピュータの定量的構造活性相関プログラムで設計および選出することからなる蛋白質結合性ペプチドの設計・選出方法。

IPC (5件)：

G06F 17/50 638 , G01N 33/48 , G06F 17/14 , G06F 17/30 170 , G06N 3/00 550

FI (5件)：

G06F 17/50 638 , G01N 33/48 Z , G06F 17/14 A , G06F 17/30 170 F , G06N 3/00 550 Z

Fターム (9件)：

2G045AA40 , 2G045DA36 , 2G045JA01 , 5B046AA00 , 5B046JA04 , 5B056BB12 , 5B056BB72 , 5B075ND20 , 5B075UU18

引用特許：

審査官引用 (4件)

立体構造処理装置
公報種別：公開公報出願番号：特願平4-331703 出願人：富士通株式会社
共通構造抽出装置
公報種別：公開公報出願番号：特願平7-010805 出願人：富士通株式会社
G-CSF類似体組成物及び方法
公報種別：公表公報出願番号：特願平6-517294 出願人：アムジエン・インコーポレーテツド

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