特許
J-GLOBAL ID：200903018547995661
高精度ドッキングスコアリング方法
発明者：
出願人/特許権者：
代理人 (3件)：
小川 勝男
, 田中 恭助
, 佐々木 孝
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2003-422218
公開番号（公開出願番号）：特開2005-181104
出願日： 2003年12月19日
公開日（公表日）： 2005年07月07日
要約：
【課題】従来のドッキングシミュレーションよりも高精度なスクリーニングを実現し、創薬プロセスにおける擬陽性を抑え、NMR計測と親和性の高い高速スクリーニング方法の提供。【解決手段】標的蛋白質の立体構造を取得し、同時に該立体構造とリガンドライブラリーのリガンドの分子構造を用いて該蛋白質-リガンド複合体構造を取得する。その後に結合サイトとして注目する残基の決定を行い、注目した残基を含むモデル分子を構築、該モデル分子での電子状態の計算を行った後に、化学シフト値の解析を行う。さらに該化学シフト値を評価する原子を設定し、設定された該原子での化学シフト値から結合残基の決定および結合強さの比較を行い、結合残基位置情報および結合の強さ傾向の表示を行う。【選択図】図1
請求項（抜粋）：
標的蛋白質に結合するリガンドをスクリーニングする方法であって、
前記標的蛋白質の立体構造を取得する工程、
前記標的蛋白質とリガンド複合体構造を取得する工程、
前記標的蛋白質とリガンド複合体構造の結合サイトとして注目する残基の決定を行う工程、
前記注目した残基を含むモデル分子を構築する工程、
前記モデル分子での電子状態の計算を行う工程、
前記モデル分子での化学シフト値の解析を行う工程、
前記化学シフト値を評価する原子を設定する工程、
前記設定された原子での化学シフト値から結合残基の決定および結合強さの比較を行う工程、
結合残基位置情報および結合の強さ傾向の表示を行う工程、
前記表示された情報を基にリガンドライブラリーの中から結合の強いリガンドを選び出す工程、および
該選び出されたリガンドに対してNMR計測を用いてスクリーニングを行う工程、
を含むことを特徴とするドッキングスコアリング方法。
IPC (6件)：
G01N33/483
, G01N33/15
, G01N33/50
, G01N33/566
, G01R33/465
, G06F19/00
G01N33/483 C
, G01N33/15 Z
, G01N33/50 Z
, G01N33/566
, G06F19/00 600
, G01N24/08 510Q
2G001AA01
, 2G001BA18
, 2G001CA01
, 2G001GA08
, 2G001KA12
, 2G001LA01
, 2G001NA01
, 2G001NA03
, 2G045DA13
, 2G045DA36
, 2G045FA11
, 2G045JA01
, 2G045JA04
, 4B050CC10
, 4B050DD01
, 4B050DD11
, 4B050HH00
, 4B050LL01
, 4B050LL10
