特許

J-GLOBAL ID：200903093179541223

遺伝子発現変動解析方法及びシステム、並びにプログラム

発明者： 安倍 真澄 ,  笠間 康次 ,  門田 幸二
出願人/特許権者： 独立行政法人放射線医学総合研究所
代理人 (5件)： 熊倉 禎男 ,  大塚 文昭 ,  西島 孝喜 ,  須田 洋之 ,  中村 佳正
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2007-066506
公開番号（公開出願番号）：特開2008-226095
出願日： 2007年03月15日
公開日（公表日）： 2008年09月25日
要約：

【課題】転写産物由来のcDNA断片の遺伝子発現プロファイルを処理するための方法及びシステム等を提供する。【解決手段】少なくとも2回測定された遺伝子発現プロファイルを、少なくとも発現している転写産物量を示すピーク情報と該ピーク情報を有する波形位置とで表わされる波形データとして入力し、前記入力された複数の波形データに対して、関数近似に基づくピーク情報補間抽出処理を行い、前記補間抽出処理を行った少なくとも1つの波形ピークを含む前記複数の波形データ間で波形補正処理に基づく波形補正を行って、各波形データ上の相当するピークを対応付ける波形ピーク対応付け処理を行い、前記波形ピーク対応付け処理を行った結果を、転写産物の発現量を示す値とともに波形ピークリストとしてリスト出力することを特徴とする。【選択図】図1

請求項（抜粋）：

発現している遺伝子の転写産物の発現量と該転写産物のピークサイズとの情報を入力した遺伝子発現プロファイルをコンピュータにおいて解析処理するための方法であって、 前記転写産物の所定範囲位置における前記情報を波形データとして入力した前記遺伝子発現プロファイルを少なくとも二つ作成し、 前記波形データに対して関数近似に基づくピーク情報補間抽出処理を行い、 前記ピーク情報補間抽出処理を行った複数の波形データ間で波形補正処理に基づく波形補正を行って、 前記少なくとも二つの遺伝子発現プロファイル間で各波形データのピーク同士を対応付ける波形ピーク対応付け処理を行った結果を1つの発現マトリクスとしてリスト出力することを特徴とする方法。

IPC (1件)：

G06F 19/00

FI (2件)：

G06F19/00 600 ,  G06F19/00

引用特許：

出願人引用 (4件)

• 国際公開第02/48352号パンフレット
  
• 遺伝子発現プロファイルの作製方法
  公報種別：公開公報   出願番号：特願2003-174895   出願人：独立行政法人放射線医学総合研究所
• 遺伝子解析支援システム
  公報種別：公開公報   出願番号：特願2004-057116   出願人：独立行政法人放射線医学総合研究所, メッセンジャー・スケープ株式会社
• 微生物識別方法、微生物識別装置、微生物識別用データベースの作成方法および微生物識別プログラムを記録した記録媒体
  公報種別：公開公報   出願番号：特願2001-400953   出願人：三洋電機株式会社

審査官引用 (2件)

• 微生物識別方法、微生物識別装置、微生物識別用データベースの作成方法および微生物識別プログラムを記録した記録媒体
  公報種別：公開公報   出願番号：特願2001-400953   出願人：三洋電機株式会社
• 遺伝子解析支援システム
  公報種別：公開公報   出願番号：特願2004-057116   出願人：独立行政法人放射線医学総合研究所, メッセンジャー・スケープ株式会社

引用文献：

出願人引用 (2件)

• A normalization strategy applied to HiCEP (an AFLP-based expression profiling) analysis: Toward the
• GOGOT: a method for the identification of differentially expressed fragments from cDNA-AFLP data

審査官引用 (2件)

• A normalization strategy applied to HiCEP (an AFLP-based expression profiling) analysis: Toward the
• GOGOT: a method for the identification of differentially expressed fragments from cDNA-AFLP data