齋藤大明

サイトウヒロアキ | Saito Hiroaki

所属機関・部署：
職名：准教授

研究分野 (5件)：ケミカルバイオロジー , 計算科学 , 薬系化学、創薬科学 , 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 , 基礎物理化学

研究キーワード (16件)：機械学習 , モンテカルロシミュレーション , 分子動力学シミュレーション , 生体膜 , 計算創薬 , 自由エネルギー , 計算機シミュレーション , 分子シミュレーション , シミュレーション , 分子ドッキング , タンパク質 , モンテカルロ法 , 分子動力学法 , Lipid bilayer , Protein , Molecular Dynamics

競争的資金等の研究課題 (10件)：

2019 - 2023 リン脂質フリップを誘起する膜貫通ペプチドの計算分子設計
2020 - 2022 生体膜に会合する化学コミュニケーション分子の機能解明と計算分子設計技術の開発
2018 - 2020 深層学習と分子シミュレーションを用いた計算分子設計
2016 - 2019 機械学習と分子シミュレーションの連帯による標的型分子ドッキング法の開発
2014 - 2018 光化学反応に於ける光照射ストレス下の電子伝達体ダイナミックスに関する理論的研究

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論文 (86件)：

Kazutomo Kawaguchi, Seiichiro Ito, Hiroaki Saito, Hidemi Nagao. Molecular dynamics study of lipid bilayer asymmetry induced by ion concentration gradient and electronic polarizability. Molecular Simulation. 2022. 1-7
Rina Saito, Kengo Hayashi, Haruna Nomoto, Misuzu Nakayama, Yousuke Takaoka, Hiroaki Saito, Souhei Yamagami, Toshiya Muto, Minoru Ueda. Extended JAZ degron sequence for plant hormone binding in jasmonate co-receptor of tomato SlCOI1-SlJAZ. Scientific reports. 2021. 11. 1. 13612-13612
Hiroyuki Nakao, Yuta Sugimoto, Keisuke Ikeda, Hiroaki Saito, Minoru Nakano. Structural Feature of Lipid Scrambling Model Transmembrane Peptides: Same-Side Positioning of Hydrophilic Residues and Their Deeper Position. The journal of physical chemistry letters. 2020. 1662-1667
Hiroaki Saito, Tetsuya Morishita, Taku Mizukami, Ken-ichi Nishiyama, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao. Free energy profiles of lipid translocation across pure POPC and POPC/CHOL bilayer: all-atom molecular dynamics study. IOP Conf. Series: Journal of Physics: Conf. Series. 2019. 1290. 012020
Takao Otsuka, Noriaki Okimoto, Hiroaki Saito, Makoto Taiji. Quantum chemical analysis of reaction indices and reaction path for drug molecules. IOP Conf. Series: Journal of Physics: Conf. Series. 2019. 1290. 1290. 012021

MISC (37件)：

齋藤大明, 杉森公一, 河内真美. 反転授業/ピア・インストラクション/協働学習を導入した物理化学講義の実践報告. 北陸大学紀要(Web). 2023. 55
中尾裕之, 杉本佑太, 池田恵介, 斎藤大明, 中野実. モデル脂質スクランブリングペプチドの構造的特徴の解明. 日本膜学会年会講演要旨集. 2020. 42nd
上田実, 高岡洋輔, 齋藤大明. 有機化学者が計算化学者に助けてもらってリガンド-受容体間ドッキングシミュレーションによる分子設計に成功するまで. 分子シミュレーション学会誌 "アンサンブル". 2019. 21. 3. 196-203
齋藤大明, 森下徹也, 水上卓, 川口一朋, 長尾秀実. 混合脂質膜における脂質分子の膜透過・離脱に関する自由エネルギー曲線. 分子シミュレーション討論会講演要旨集. 2018. 32nd. 132
宮川毅, 森河良太, 高須昌子, 杉森公一, 川口一朋, 齋藤大明, 長尾秀実. Hras-GTP/GDP系でのGTP/GDP周辺における水素結合の動的性質の分子動力学法による研究. 日本物理学会講演概要集(CD-ROM). 2016. 71. 1. ROMBUNNO.22APS-115

特許 (2件)：

水素吸着材料1
水素吸着材料2

講演・口頭発表等 (27件)：

分子シミュレーションを用いたシトクロムP450(CYP)に対する薬物代謝部位予測
(第12回分子分子科学討論会 2018)
深層学習と分子シミュレーションを用いた計算分子設計
(新学術領域研究(研究領域提案型) 「化学コミュニケーションのフロンティア」第3回公開シンポジウム 2018)
コンピュータシミュレーションで見る生体分子の世界-コンピュータ創薬への挑戦-
(第23回理カフェ 2018)
分子シミュレーションを用いた計算創薬研究
(徳島大学特別講演会兼平成29年度大学院講義創薬研究実践特論 2018)
分子シミュレーションを用いたシトクロムP450(CYP)に対する薬物代謝部位予測
(第31回分子シミュレーション討論会 2017)

Works (2件)：

Permeability of organic molecule across the biomembrane
2009 -
Development of DDS simulator
2008 -

学歴 (5件)：

2000 - 2003 金沢大学大学院自然科学研究科数理情報科学専攻
- 2003 金沢大学
1998 - 2000 弘前大学大学院理学研究科修士課程物理学専攻
1994 - 1998 東北学院大学工学部応用物理学科
- 1998 東北学院大学

学位 (1件)：

博士(理学) (金沢大学)

経歴 (5件)：

2020/04 - 現在北陸大学薬学部薬学科准教授
2016/04 - 2020/03 理化学研究所生命機能科学研究センター計算分子設計研究チーム研究員
2008/04 - 2016/03 金沢大学理工研究域数物科学系助教
2005/04 - 2008/03 産業技術総合研究所計算科学研究部門粒子モデリンググループ特別研究員
2003/04 - 2005/03 金城大学社会福祉学部特別研究員

委員歴 (2件)：

2016/10 - 現在分子シミュレーション研究会研究会誌「アンサンブル」編集委員
2010/04 - 2011/03 日本生物物理学会北陸地区編集委員

所属学会 (9件)：

分子科学会 , 日本ケミカルバイオロジー学会 , CBI(シービーアイ)学会 , 日本化学会 , 日本生物物理学会 , 分子シミュレーション研究会 , The biophysical society of japan , The molecular simulation of society of japan , 日本物理学会

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