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J-GLOBAL ID：201202235021517652   整理番号：12A0937265

回転拡散とNMRスペクトル密度の改良した再現性のための水モデル同調

Water Model Tuning for Improved Reproduction of Rotational Diffusion and NMR Spectral Density

著者 (4件)： TAKEMURA Kazuhiro (Univ. Tokyo, Tokyo, JPN) ,  TAKEMURA Kazuhiro (National Inst. of Natural Sci., Okazaki, JPN) ,  KITAO Akio (Univ. Tokyo, Tokyo, JPN) ,  KITAO Akio (JST-CREST, Tokyo, JPN)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 22  ページ： 6279-6287  発行年： 2012年06月07日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 純水と四種類の蛋白質の併進と回転拡散の再現性を改良する分子動力学シミュレーションのための水モデルを最適化した。著者らの先のケン研究で,TIP3P,SPC,SPC/E及びSPC/Fwモデルで得たユビキチンのタンブリング相関時間τ_pは実測値よりも短く,このことは純水と蛋白質の併進拡散定数がシミュレーション箱サイズに直線的に依存する,回転拡散定数はシミュレーション箱サイズにほぼ依存しない,これらの水モデルからの水の併進拡散定数が実験値よりも大きい及びτ_pが併進拡散定数に逆比例することを明らかにした。この脈絡で,1%のO-H結合長のわずかな増加でもって元のSPC/EモデルからSPC/E_bモデルを開発した。この同調は実験値と比較したとき併進と回転拡散を著しく改善し,一方,調べた他の熱力学的性質における極わずかな変化を観測した。SPC/E_bモデルを用い,ユビキチン,蛋白質G,ウシ膵臓トリプシン阻害剤及びRNアーゼ蛋白質阻害剤Barstar C42/80Aから全体のτ_pを成功裡に再現した。ユビキチンと蛋白質G中の主鎖アミド結合回転の計算した部位特異NMRスペクトル密度は核磁気共鳴換算スペクトル密度地図化から導いたスペクトル密度と良く一致した。また,室温周辺での実験τ_pの再現性を容易にするため,温度依存結合長同調を用いてSPC/E_bTモデルも開発した。

シソーラス用語： *純水 ,  *ユビキチン ,  *トリプシン阻害剤 ,  *酵素阻害剤 ,  並進 ,  回転拡散 ,  *拡散係数 ,  再現性 ,  *水モデル ,  時間 ,  *スペクトル密度 ,  NMR【磁気共鳴】 ,  C-N結合 ,  温度依存性 ,  核間距離 ,  蒸発熱 ,  圧縮率 ,  熱膨張係数 ,  誘電率 ,  計算機シミュレーション ,  分子動力学 ,  同調
準シソーラス用語： アミド結合 ,  ウシ膵臓トリプシン阻害剤 ,  タンブリング ,  拡散定数 ,  結合長 ,  相関時間 ,  分子動力学シミュレーション ,  並進運動 ,  誘電定数

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  NMR一般  (BM07041R)

タイトルに関連する用語 (6件)： 回転拡散 ,  NMR ,  スペクトル密度 ,  再現性 ,  水モデル ,  同調