文献

J-GLOBAL ID：201202248677546297   整理番号：12A0603384

実験データと組み合わせた極性残基のpK_a値の正確な密度汎関数理論を用いた評価 アミノ酸から極小蛋白質まで

An accurate density functional theory based estimation of pK_a values of polar residues combined with experimental data: from amino acids to minimal proteins

著者 (5件)： MATSUI Toru (Osaka Univ., Osaka, JPN) ,  BABA Takeshi (Osaka Univ., Osaka, JPN) ,  BABA Takeshi (Univ. Hyogo, Hyogo, JPN) ,  KAMIYA Katsumasa (Univ. Tsukuba, Ibaraki, JPN) ,  SHIGETA Yasuteru (Osaka Univ., Osaka, JPN)
資料名： Physical Chemistry Chemical Physics  (Physical Chemistry Chemical Physics)
巻： 14  号： 12  ページ： 4181-4187  発行年： 2012年03月28日 
JST資料番号： A0271C  ISSN： 1463-9076  CODEN： PPCPFQ  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分極連続モデルと組み合わせた量子化学計算を用いて,酸解離定数(pK_a)を評価した。アミノ酸から原子数300の蛋白質までの種々の大きさの分子で,pK_a値を計算した。この方法で特定の官能基の半定量的pK_a値を得られ,値への周囲の影響を検討した。応用例としてアミノ酸側鎖のpK_a値を計算し,実験値との良い一致を得られた。セリンでトリペプチドのpK_a値が対応するモノペプチドより3.0単位少なく,水素結合のpK_a値への影響を示した。chignolinとトリプトファンケージ内のチロシンとセリンのpK_a値を導出した。トリプトファンケージ内の隣接セリンで,著しく異なるpK_a値を得られ,水への曝露の有無により内部水素結合により差が生じると考察した。

シソーラス用語： *基 ,  *酸解離定数 ,  密度汎関数法 ,  *アミノ酸 ,  *タンパク質 ,  *脂肪族アミン ,  *トリペプチド ,  水素結合 ,  かご効果 ,  脂肪族アルコール ,  脂肪族カルボン酸 ,  アミノアルコール ,  ヒドロキシ酸 ,  フェノール類 ,  第一アミン ,  窒素複素環化合物 ,  芳香族縮合化合物
準シソーラス用語： 極性基 ,  *残基

分類 (3件)： アミノ酸  (CF10070V) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  酸塩基平衡  (CB04020D)

物質索引 (3件)： セリン ,  チロシン ,  トリプトファン

タイトルに関連する用語 (8件)： 実験データ ,  極性 ,  残基 ,  PKA ,  密度汎関数理論 ,  評価 ,  アミノ酸 ,  蛋白質