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J-GLOBAL ID：201402208321815350   整理番号：14A0862273

形式概念分析を用いたマイクロアレイデータ分析のための対話型データマイニングツール

Interactive Data Mining Tool for Microarray Data Analysis Using Formal Concept Analysis

著者 (4件)： TANABATA Takanari (National Inst. Agrobiological Sci., Ibaraki, JPN) ,  HIROSE Fumiaki (National Inst. Agrobiological Sci., Ibaraki, JPN) ,  HASHIKAMI Hidenobu (Univ. Tsukuba, Ibaraki, JPN) ,  NOBUHARA Hajime (Univ. Tsukuba, Ibaraki, JPN)
資料名： Journal of Advanced Computational Intelligence and Intelligent Informatics  (Journal of Advanced Computational Intelligence and Intelligent Informatics)
巻： 16  号： 2  ページ： 273-281  発行年： 2012年03月20日 
JST資料番号： F1398A  ISSN： 1343-0130  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNAマイクロアレイ分析は,幾千の遺伝子発現を一度に測定すること,および,その測定から得られる遺伝子発現プロファイルを分析することにより,遺伝子機能を説明できる。しかしながら,遺伝子発現プロファイルは莫大な量の情報を有しており,多くの分析作業は統計的方法に絞られたデータを基になされる。そのため,現象の要素を構成する遺伝子を評価から見過ごす可能性が残る。ここでは,形式概念分析に基づく方法を提案し,各遺伝子の記述情報から得られる全ての遺伝子発現プロファイルと特性情報を視覚化してユーザにそれらを概観できるようにした。形式概念分析において,遺伝子がオブジェクトであり,その属性が発現プロファイルと2値化特性情報であるコンテキスト表から属性の包含関係に基づいて,遺伝子を階層的に分類し見えるようにする格子構造を構築した。この方法により,発現比率と特性情報の2値状態を調整することによりユーザは概観状態を変更でき,遺伝子発現の関係構造を理解し,遺伝子機能の分析を行うことができる。この方法を実践するソフトウェアを開発し,生物学者に米の種苗の赤色光伝達に関連する遺伝子の機能分析に適用したこの方法の有効性を評価するように依頼した。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *データマイニング ,  *遺伝子発現 ,  *DNAマイクロアレイ ,  コドン ,  階層構造 ,  ソフトウェア開発 ,  機能分析
準シソーラス用語： *マイクロアレイ分析 ,  *形式概念分析 ,  視覚化

分類 (1件)： 人工知能  (JE08000Z)

引用文献 (15件)：

• T. Sasaki et al., “The genome sequence and structure of rice chromosome 1,” Nature, Vol.420, pp. 312-316, 2002.
• M. Takano, N. Inagaki, X. Xie, S. Kiyota, A. Baba-Kasai, T. Tanabata, and T. Shinomura, “Phytochromes are the sole photoreceptors for perceiving red/far-red light in rice,” Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol.106, pp. 14705-14710, 2009.
• S. Isobe, A. Nakaya, and S. Tabata, “Genotype Matrix Mapping: Searching for Quantitative Trait Loci Interactions in Genetic Variation in Complex Traits,” DNA Research, Vol.14, pp. 217-225, 2009.
• Dov Stekel, “Microarray Bioinformatics,” Cambridge University Press, 2003.
• D.B. Allison, X. Cui, G. P. Page, and M. Sabripour, “Microarray data analysis: from disarray to consolidation and consensus,” Nature Reviews Genetics Vol.7, pp. 55-65, 2006.

タイトルに関連する用語 (7件)： 形式 ,  概念 ,  分析 ,  マイクロアレイデータ ,  対話型 ,  データマイニング ,  ツール