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J-GLOBAL ID：201602251786005787   整理番号：16A0562776

次世代シーケンサーデータの解析手法 第7回 ロングリードアセンブリ

Methods for analyzing next generation sequencing data VII. long-read assembly

著者 (8件)： 谷澤靖洋 (東大 大学院新領域創成科学研究科) ,  谷澤靖洋 (遺伝学研 生命情報研究セ) ,  神沼英里 (遺伝学研 生命情報研究セ) ,  中村保一 (遺伝学研 生命情報研究セ) ,  遠野雅徳 (農業・食品産業技術総合研究機構) ,  大崎研 (トミーデジタルバイオロジー) ,  清水謙多郎 (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  門田幸二 (東大 大学院農学生命科学研究科)
資料名： 日本乳酸菌学会誌  (Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria)
巻： 27  号： 2  ページ： 101-110  発行年： 2016年06月26日 
JST資料番号： L3534A  ISSN： 1343-327X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 解説  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： 完全なゲノム配列の再現を目指す上で最も有効な手段は,ロングリ...

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,...
準シソーラス用語： BLAST ,...

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分類 (2件)： 微生物学(ウイルス以外)一般  (EG03010C) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (22件)：

• 1) Tanizawa Y, Tohno M, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M. (2015) Complete genome sequence and analysis of Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260^T, a psychrotrophic lactic acid bacterium isolated from silage. BMC Genomics 16: 240.
• 2) Flusberg BA1, Webster DR, Lee JH, Travers KJ, Olivares EC, et al. (2010) Direct detection of DNA methylation during single-molecule, real-time sequencing. Nat Methods 7: 461-465.
• 3) 谷澤 靖洋,神沼 英里,中村 保一,清水 謙多郎,門田 幸二(2016)次世代シーケンサーデータの解析手法:第 6 回 ゲノムアセンブリ.日本乳酸菌学会誌 27: 41-52.
• 4) Chin CS, Alexander DH, Marks P, Klammer AA, Drake J, et al. (2013) Nonhybrid, finished microbial genome assemblies from long-read SMRT sequencing data. Nat Methods 10: 563-569.
• 5) 孫 建強,三浦 文,清水 謙多郎,門田 幸二(2015)次世代シーケンサーデータの解析手法:第 3 回 Linux 環境構築から NGS データ取得まで.日本乳酸菌学会誌 26: 32-41.

タイトルに関連する用語 (4件)： 次世代シーケンサー ,  解析手法 ,  リード ,  アセンブリ