特許
J-GLOBAL ID：201603018975640059
N-型糖ペプチドの高スループット同定および定量のためのバイオインフォマティックスプラットフォーム
発明者：
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出願人/特許権者：
代理人 (1件)：
葛和 清司
公報種別：特許公報
出願番号（国際出願番号）：特願2014-538734
特許番号：特許第5855264号
出願日： 2013年01月22日
請求項（抜粋）：
【請求項1】 高分解能質量分析計を使用して、プロテアーゼで糖タンパク質を加水分解して調製したポリペプチドを分析することによって複数の質量スペクトルを得ること(ステップ1)、
ステップ1で得られた複数の質量スペクトルからの原ファイル(raw file)を、MS1(複数の質量スペクトル1)および複数のタンデムスペクトル(MS/MS)に対するファイルに変換すること(ステップ2)、
129.06、138.06、145.05、147.07、163.06、168.07、186.08、204.08、274.09、292.10、350.15、366.14、454.16、528.19、および657.24のオキソニウムイオンピーク分子量を示す、変換された複数のタンデムスペクトルからなる群から選択される各タンデムスペクトルにおけるMスコア(M-score)を計算すること、ここで、Mスコアは、以下の数式1によって計算される、
(ステップ3)、
ステップ3において得られたMスコアを用いて糖ペプチドスペクトルを選択すること(ステップ4)、
ステップ4において選択された糖ペプチドスペクトルのMS1における同位体分布を得て、この同位体分布がデータベースと比較されてSスコアが計算され、次いで、計算されたSスコアを用いて糖ペプチド候補を同定すること、ここで、Sスコアは、以下の数式2によって計算される、
(ステップ5)、
タンデムスペクトルにおけるEスコア、Yスコア、およびY’スコアを用いてステップ5において同定された糖ペプチド候補から正確な糖ペプチドを評価すること、ここで、Eスコアは、以下の数式5によって計算される、
、ここで、Yスコアは、以下の数式3によって計算される、
、ここで、Y’スコアは、以下の数式4によって計算される、
[数式4]
Y’スコア=Yスコア+yスコア
ここで、yスコアは、ペプチドのbイオンおよびyイオンの理論的分布に基づいて計算される(ステップ6)、
ステップ6において評価された糖ペプチドについて定量的分析を行うこと(ステップ7)、および
ファミリーN-結合型糖ペプチドの追加の同定および定量を行うこと、ここで、ファミリーN-結合型糖ペプチドは、ステップ6においてタンデムスペクトル(MS/MS)を用いて正確に同定された糖ペプチドに基づいて、N-型糖ペプチドファミリーが追加的に予測された後に、タンデムスペクトル(MS/MS)を用いずに、SスコアおよびMS1におけるMS精度を用いて同定および定量される(ステップ8)
を含む、糖タンパク質からN-結合型糖ペプチドを同定および定量するための方法。
IPC (1件)：
FI (1件)：
引用特許：
引用文献：
審査官引用 (6件)
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“New Data Base-independent, Sequence Tag-based Scoring of Peptide MS/MS Data Validates Mowse Scores
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“Rapid identification of proteins by peptide-mass fingerprinting”
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“Automated N-Glycopeptide Identification Using a Combination of Single- and Tandem-MS”
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